More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1713 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  100 
 
 		 289 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  51.04 
 
 		 312 aa  275  5e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  50.19 
 
 		 382 aa  258  6e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  47.4 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  45.66 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  45.29 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  32.22 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.1 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  32.17 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  28.31 
 
 		 328 aa  106  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  32.21 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.2 
 
 		 351 aa  104  2e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.68 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 322 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  28.03 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  26.57 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  30.77 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  27.6 
 
 		 379 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  30.31 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  26.79 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  29.89 
 
 		 284 aa  99.8  5e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  29.09 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  27.34 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 321 aa  92.8  6e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25.74 
 
 		 354 aa  92.4  7e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 296 aa  92.4  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  28.32 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  24.35 
 
 		 318 aa  92.4  8e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  24.65 
 
 		 335 aa  92  9e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.87 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.97 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  28.22 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  28.67 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  27.2 
 
 		 274 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.94 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.19 
 
 		 315 aa  89.7  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.18 
 
 		 339 aa  89.4  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  23.95 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  23.95 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  29.6 
 
 		 318 aa  86.7  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 284 aa  87  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  22.59 
 
 		 338 aa  86.7  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  29.01 
 
 		 276 aa  86.7  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  26.97 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.18 
 
 		 337 aa  85.9  7e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 274 aa  85.5  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 293 aa  85.5  9e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  23.92 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  27.69 
 
 		 271 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  27.69 
 
 		 270 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0053  periplasmic binding protein  31.44 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 274 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  27.35 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.88 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  26.55 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  27.89 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  21.58 
 
 		 363 aa  82.8  0.000000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  24.65 
 
 		 483 aa  82.8  0.000000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  27.01 
 
 		 517 aa  82.4  0.000000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.95 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  26.59 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 269 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.09 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  23.57 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  31.18 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  29.6 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  26.4 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  25.66 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  25.35 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  23.83 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  21.48 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  21.48 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  26.6 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 275 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 275 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 275 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  28.07 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  26.81 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  23.93 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  24.56 
 
 		 478 aa  79.3  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 682 aa  79.3  0.00000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.83 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  27.07 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  26.52 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  27.34 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  29.72 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  26.92 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  26.07 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  26.62 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  29.23 
 
 		 682 aa  77.8  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>