More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3249 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  100 
 
 
322 aa  659    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  35.26 
 
 
318 aa  220  3e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  39.12 
 
 
307 aa  207  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  34.47 
 
 
318 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  40.55 
 
 
315 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  39.18 
 
 
315 aa  189  5e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  37.5 
 
 
318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  36.79 
 
 
341 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  37.55 
 
 
354 aa  171  1e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  37.01 
 
 
331 aa  168  1e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  31.79 
 
 
318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  34.64 
 
 
338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  34.64 
 
 
338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  34.64 
 
 
351 aa  162  8.000000000000001e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  34.38 
 
 
335 aa  161  1e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  30.51 
 
 
305 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  30.82 
 
 
305 aa  159  8e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  33.44 
 
 
339 aa  158  9e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
295 aa  157  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
295 aa  157  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  33.57 
 
 
338 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
337 aa  156  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  34.56 
 
 
321 aa  155  9e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
309 aa  151  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  32.26 
 
 
289 aa  149  6e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  34.06 
 
 
363 aa  149  7e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  30.92 
 
 
295 aa  149  9e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  31.88 
 
 
293 aa  145  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  31.91 
 
 
289 aa  145  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  32.76 
 
 
379 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  31.07 
 
 
296 aa  139  7.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  32.42 
 
 
328 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  30.55 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  32.51 
 
 
300 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  30.48 
 
 
333 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  30.28 
 
 
312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  31.1 
 
 
291 aa  133  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  32.09 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  30.77 
 
 
303 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.91 
 
 
356 aa  129  6e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  29.79 
 
 
299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  32.87 
 
 
312 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  29.04 
 
 
308 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  26.95 
 
 
317 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  28.62 
 
 
322 aa  127  3e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  30.55 
 
 
517 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  32.16 
 
 
257 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29.56 
 
 
287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  28.06 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  29.07 
 
 
299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  29.79 
 
 
297 aa  120  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  31.06 
 
 
404 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  29.89 
 
 
293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  29.29 
 
 
291 aa  119  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5058  periplasmic binding protein  29.62 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22765  normal  0.328912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
288 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.41 
 
 
304 aa  117  3e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.68 
 
 
304 aa  117  3e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
312 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.27 
 
 
483 aa  116  5e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  29.09 
 
 
321 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  31.92 
 
 
275 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  28.32 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  29.35 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  30.58 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.29 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  30.29 
 
 
332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.29 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.29 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.29 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.29 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  26.54 
 
 
478 aa  114  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  28.27 
 
 
289 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  28.26 
 
 
382 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.33 
 
 
313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  29.37 
 
 
299 aa  113  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.29 
 
 
310 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  28.33 
 
 
305 aa  113  5e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  29.8 
 
 
293 aa  112  6e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.52 
 
 
311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.4 
 
 
339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  28.41 
 
 
297 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  27.62 
 
 
306 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
316 aa  110  5e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  28.42 
 
 
318 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  27.8 
 
 
318 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  29.79 
 
 
406 aa  109  8.000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.52 
 
 
304 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  27.78 
 
 
380 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  31.7 
 
 
304 aa  108  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  28.25 
 
 
305 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  26.91 
 
 
296 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  26.35 
 
 
296 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  29.23 
 
 
338 aa  108  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29.41 
 
 
293 aa  108  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  26.43 
 
 
333 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  29.67 
 
 
305 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  29.67 
 
 
305 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  29.67 
 
 
305 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  29.3 
 
 
308 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>