More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2313 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  100 
 
 		 305 aa  612  9.999999999999999e-175  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  60.69 
 
 		 382 aa  332  3e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  59.15 
 
 		 312 aa  322  5e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  50.53 
 
 		 306 aa  279  5e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  47.4 
 
 		 289 aa  247  2e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  44.59 
 
 		 299 aa  232  6e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.48 
 
 		 318 aa  122  8e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.33 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.87 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  28.76 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  28.18 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  27.97 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 354 aa  103  5e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  22.22 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  29.01 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.18 
 
 		 315 aa  97.4  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.17 
 
 		 339 aa  97.1  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.43 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  28.95 
 
 		 379 aa  96.3  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.23 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.23 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.23 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.23 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  29.23 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.23 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.23 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.42 
 
 		 351 aa  94.7  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  25.08 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  27.87 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  27.34 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  29.27 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  30.6 
 
 		 278 aa  92  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25.17 
 
 		 338 aa  90.5  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.83 
 
 		 337 aa  90.1  4e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  30.28 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  25.17 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  30.28 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  26.6 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.23 
 
 		 339 aa  87.8  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  23.21 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  26.41 
 
 		 363 aa  87.4  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.17 
 
 		 338 aa  86.7  4e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.17 
 
 		 338 aa  86.7  4e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  30.39 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  26.16 
 
 		 331 aa  87  4e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  23.75 
 
 		 305 aa  86.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0053  periplasmic binding protein  30.82 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  25.59 
 
 		 341 aa  85.9  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  29.39 
 
 		 304 aa  85.5  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  25.28 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  24.09 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  27.56 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  25.84 
 
 		 391 aa  83.6  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.05 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  26.64 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  29.14 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  27.57 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  27.68 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  27.08 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.44 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  30.42 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  23.41 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  30.85 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  23.73 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  27.4 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  26.16 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  29.31 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.57 
 
 		 356 aa  79.3  0.00000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  25.69 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  29.83 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  25.36 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  26.12 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.22 
 
 		 517 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  25.85 
 
 		 352 aa  78.6  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3464  periplasmic binding protein  28.88 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.328176  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  28.38 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2743  hypothetical protein  26.53 
 
 		 700 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.05 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  27.85 
 
 		 333 aa  76.6  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  23.79 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  27.46 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  29.23 
 
 		 323 aa  75.9  0.0000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 269 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  25.17 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.62 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  27.4 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  29.62 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  24.24 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3574  periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0136612 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>