More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5751 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  100 
 
 
313 aa  601  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  62.28 
 
 
297 aa  322  7e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  28.47 
 
 
315 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.47 
 
 
315 aa  150  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  34.4 
 
 
328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  29.84 
 
 
318 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  30.96 
 
 
307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  29.25 
 
 
318 aa  126  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  33.83 
 
 
304 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.07 
 
 
289 aa  124  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  33.57 
 
 
382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  31.75 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  32.58 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  28.62 
 
 
341 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  30.26 
 
 
312 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  31.51 
 
 
323 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  28.16 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  28.1 
 
 
309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.87 
 
 
289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  33.66 
 
 
296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  26.96 
 
 
379 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.35 
 
 
338 aa  109  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  34.05 
 
 
296 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.16 
 
 
351 aa  108  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  33.82 
 
 
311 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.4 
 
 
483 aa  107  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  34.85 
 
 
314 aa  106  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.15 
 
 
478 aa  106  6e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  33.95 
 
 
292 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
299 aa  105  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  29.35 
 
 
354 aa  105  9e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  31.86 
 
 
287 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.62 
 
 
331 aa  104  2e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  28.82 
 
 
306 aa  102  9e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.27 
 
 
338 aa  102  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.27 
 
 
338 aa  102  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  31.08 
 
 
312 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  26.3 
 
 
335 aa  102  1e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.56 
 
 
318 aa  100  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  33.59 
 
 
270 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.27 
 
 
337 aa  100  4e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  35.19 
 
 
284 aa  99.8  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
289 aa  99  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  31.01 
 
 
303 aa  97.4  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  28.64 
 
 
321 aa  96.7  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  33.71 
 
 
304 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
291 aa  96.3  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23.27 
 
 
300 aa  96.7  5e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  31 
 
 
312 aa  95.9  9e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
304 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  22.18 
 
 
363 aa  95.5  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  29.89 
 
 
303 aa  94.7  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  28.48 
 
 
682 aa  94.7  2e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  27.34 
 
 
299 aa  94.4  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  28.67 
 
 
682 aa  94.7  2e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  32.06 
 
 
318 aa  94.4  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  27.87 
 
 
305 aa  93.6  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  29.88 
 
 
261 aa  92.4  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  30 
 
 
288 aa  92.4  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  28.29 
 
 
300 aa  89.7  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1518  periplasmic binding protein  33.48 
 
 
315 aa  89  9e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  29.64 
 
 
257 aa  88.2  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  25.55 
 
 
356 aa  87.4  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  31.05 
 
 
274 aa  87  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  25.09 
 
 
517 aa  86.7  5e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  33.06 
 
 
288 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  32.11 
 
 
288 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  30.88 
 
 
323 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  29.67 
 
 
269 aa  86.3  7e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  26.15 
 
 
300 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.8 
 
 
339 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  24.56 
 
 
305 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  23.55 
 
 
318 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  22.18 
 
 
339 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  29.8 
 
 
300 aa  85.1  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  27.6 
 
 
263 aa  84.3  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  22.68 
 
 
322 aa  84  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.4 
 
 
275 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.12 
 
 
310 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.12 
 
 
310 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  29.7 
 
 
303 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  24.2 
 
 
305 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.12 
 
 
310 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.12 
 
 
310 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.12 
 
 
310 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  25.2 
 
 
276 aa  82.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  26.3 
 
 
332 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
276 aa  82.8  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25.89 
 
 
297 aa  82  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  29.76 
 
 
300 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  26.57 
 
 
358 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  23.91 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  33.07 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  24.12 
 
 
274 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  28.25 
 
 
283 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  22.9 
 
 
295 aa  80.1  0.00000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  27.68 
 
 
333 aa  80.5  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  22.31 
 
 
295 aa  80.1  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  22.31 
 
 
295 aa  80.1  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>