More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0038 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  100 
 
 
293 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  58.55 
 
 
296 aa  343  2e-93  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  48.29 
 
 
297 aa  298  9e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  47.95 
 
 
299 aa  296  2e-79  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  44.11 
 
 
292 aa  245  6e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  39.5 
 
 
318 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  30.36 
 
 
307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  30.53 
 
 
354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  29.18 
 
 
363 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  33.57 
 
 
315 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  31.54 
 
 
315 aa  132  9e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  28.08 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  27.61 
 
 
322 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  27.54 
 
 
331 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  29.89 
 
 
322 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.78 
 
 
351 aa  119  6e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
318 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  30.39 
 
 
318 aa  112  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  25.73 
 
 
335 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  30.48 
 
 
483 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  32.46 
 
 
318 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  31.12 
 
 
379 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  27.92 
 
 
293 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
328 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  31.13 
 
 
304 aa  106  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  28.72 
 
 
300 aa  105  6e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  27.01 
 
 
296 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  23.08 
 
 
338 aa  100  4e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  23.08 
 
 
338 aa  100  4e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  29.04 
 
 
321 aa  99.8  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  25.18 
 
 
287 aa  99.8  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  29.46 
 
 
339 aa  99  8e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  23.18 
 
 
338 aa  98.6  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  28.02 
 
 
311 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  23.18 
 
 
337 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  27.85 
 
 
291 aa  97.1  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.39 
 
 
341 aa  96.3  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  30.8 
 
 
478 aa  94  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  25.36 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
296 aa  93.6  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  27.72 
 
 
338 aa  92.4  7e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.32 
 
 
517 aa  92.4  7e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
331 aa  92.4  8e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4450  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30 
 
 
315 aa  92  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4502  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30 
 
 
315 aa  92  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  25.96 
 
 
356 aa  92  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  27.09 
 
 
276 aa  92  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  27.45 
 
 
296 aa  91.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  27.43 
 
 
303 aa  91.3  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  27.07 
 
 
304 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  25.5 
 
 
265 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  28.1 
 
 
288 aa  89.7  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  27.06 
 
 
274 aa  89.4  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  25.94 
 
 
304 aa  89.4  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4488  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.23 
 
 
315 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4113  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.23 
 
 
317 aa  89  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.78 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  26.57 
 
 
336 aa  88.6  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.85 
 
 
289 aa  88.6  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  23.24 
 
 
318 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
274 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  25.94 
 
 
300 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.46 
 
 
287 aa  88.2  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  25.26 
 
 
312 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4449  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.23 
 
 
315 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  27.88 
 
 
299 aa  87.8  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  24.73 
 
 
303 aa  87.4  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  29.96 
 
 
311 aa  87  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4265  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  29.23 
 
 
315 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4102  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.23 
 
 
315 aa  87.4  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
323 aa  87  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4597  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  29.23 
 
 
315 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  27.74 
 
 
345 aa  87  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  27.09 
 
 
333 aa  86.7  4e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  28.72 
 
 
317 aa  86.3  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.94 
 
 
275 aa  86.7  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0748  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.23 
 
 
315 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  26.83 
 
 
274 aa  86.3  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  23.79 
 
 
299 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.53 
 
 
316 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  24.91 
 
 
406 aa  84.3  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  24.64 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0493  periplasmic binding protein  29.47 
 
 
323 aa  84.3  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  23.7 
 
 
313 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  23.62 
 
 
318 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  24.09 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  25.85 
 
 
429 aa  83.6  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
295 aa  83.6  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
295 aa  83.6  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  26.39 
 
 
288 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  23.53 
 
 
385 aa  82.8  0.000000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  26.82 
 
 
682 aa  82.8  0.000000000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  28.88 
 
 
334 aa  82.4  0.000000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  27.78 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  22.08 
 
 
377 aa  82  0.000000000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  27.8 
 
 
272 aa  82  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4216  periplasmic binding protein  28.24 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.481404  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  26.54 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
291 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  24.16 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>