More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1322 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  100 
 
 
297 aa  563  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  62.28 
 
 
313 aa  334  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  38.15 
 
 
382 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  25.56 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.93 
 
 
315 aa  144  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  34.18 
 
 
307 aa  139  7e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  26.12 
 
 
335 aa  137  2e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  31.77 
 
 
354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  28.21 
 
 
331 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  30.94 
 
 
351 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  33.91 
 
 
312 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  28.77 
 
 
379 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  27.64 
 
 
338 aa  124  2e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  28.11 
 
 
338 aa  123  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.11 
 
 
338 aa  123  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  28.26 
 
 
318 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
328 aa  123  5e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  31.5 
 
 
304 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.44 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  33.78 
 
 
682 aa  116  5e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.78 
 
 
341 aa  115  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  33.56 
 
 
682 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  34.66 
 
 
314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.42 
 
 
478 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  29.71 
 
 
289 aa  112  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.05 
 
 
337 aa  112  9e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  31.48 
 
 
306 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.82 
 
 
287 aa  109  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  31.05 
 
 
517 aa  109  6e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  28.98 
 
 
291 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  31.41 
 
 
356 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  22.97 
 
 
300 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  29.01 
 
 
305 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  32.44 
 
 
323 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  33.58 
 
 
292 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  30.69 
 
 
299 aa  103  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  34.66 
 
 
289 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  26.37 
 
 
309 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25 
 
 
318 aa  102  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.42 
 
 
321 aa  102  6e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  34.41 
 
 
303 aa  102  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  24.39 
 
 
363 aa  102  9e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  35.02 
 
 
288 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.13 
 
 
300 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.03 
 
 
289 aa  102  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1518  periplasmic binding protein  29.37 
 
 
315 aa  101  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  24.64 
 
 
322 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  32.7 
 
 
300 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  31.66 
 
 
270 aa  99.4  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  30.58 
 
 
293 aa  99  8e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
300 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.07 
 
 
287 aa  97.8  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  22.14 
 
 
339 aa  97.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  25 
 
 
334 aa  97.1  3e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  29.21 
 
 
263 aa  96.3  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  33.97 
 
 
288 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  31.85 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  28.97 
 
 
333 aa  94.7  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  30.91 
 
 
311 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  32.44 
 
 
269 aa  94.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  23.26 
 
 
295 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  23.26 
 
 
295 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  31.36 
 
 
323 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.21 
 
 
483 aa  94  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  32.06 
 
 
311 aa  94  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  28.4 
 
 
269 aa  93.6  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  27.8 
 
 
299 aa  93.2  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
291 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  21.77 
 
 
318 aa  92.4  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  29.79 
 
 
296 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  30.58 
 
 
317 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  27.46 
 
 
296 aa  91.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  29.02 
 
 
300 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  25 
 
 
380 aa  90.9  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  27.57 
 
 
323 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.17 
 
 
304 aa  90.5  3e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  23.26 
 
 
322 aa  90.9  3e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.68 
 
 
262 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.68 
 
 
266 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.68 
 
 
262 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.68 
 
 
262 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.13 
 
 
275 aa  90.1  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  29.41 
 
 
296 aa  90.1  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.68 
 
 
262 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  30.07 
 
 
323 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  26.81 
 
 
352 aa  89  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  26.07 
 
 
308 aa  89  9e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  26.55 
 
 
289 aa  89  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  20.7 
 
 
295 aa  88.2  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
274 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  23.46 
 
 
276 aa  88.2  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.87 
 
 
339 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  27.02 
 
 
288 aa  87.8  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  34.95 
 
 
291 aa  87.4  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  31.8 
 
 
304 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  30.27 
 
 
276 aa  87.4  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  32.18 
 
 
304 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  24.84 
 
 
317 aa  86.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  34.09 
 
 
288 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  30.47 
 
 
312 aa  87  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>