More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2468 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  100 
 
 
328 aa  645    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  39.13 
 
 
315 aa  215  8e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  38.8 
 
 
315 aa  212  7.999999999999999e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  41.64 
 
 
307 aa  211  2e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  38.93 
 
 
318 aa  200  3e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  36.17 
 
 
338 aa  192  6e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  36.17 
 
 
338 aa  192  6e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  33.93 
 
 
337 aa  188  1e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  34.29 
 
 
338 aa  186  5e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  35.81 
 
 
379 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  32.49 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  33.12 
 
 
318 aa  179  7e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  35.24 
 
 
318 aa  172  9e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  37.46 
 
 
354 aa  172  9e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  33.44 
 
 
331 aa  170  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  30.18 
 
 
341 aa  168  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  34.31 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  34.3 
 
 
363 aa  163  3e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  33.12 
 
 
318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  32.49 
 
 
309 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  33.94 
 
 
291 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  32.85 
 
 
339 aa  160  4e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  30.34 
 
 
303 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.91 
 
 
287 aa  159  6e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  34.19 
 
 
351 aa  158  1e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  30.34 
 
 
300 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  33.57 
 
 
331 aa  156  4e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  34.78 
 
 
289 aa  156  4e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.23 
 
 
313 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  29.96 
 
 
300 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.45 
 
 
300 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.59 
 
 
300 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  34.8 
 
 
287 aa  151  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  29.97 
 
 
321 aa  150  3e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  31.95 
 
 
300 aa  149  5e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  34.78 
 
 
303 aa  149  8e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
289 aa  149  8e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  29.96 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  32.85 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  30.77 
 
 
335 aa  147  3e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  31.09 
 
 
304 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.21 
 
 
339 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.33 
 
 
309 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  29.59 
 
 
318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  32.34 
 
 
322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  30.65 
 
 
305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  29.96 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  29.96 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  29.21 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  29.96 
 
 
305 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  31.19 
 
 
322 aa  139  6e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.68 
 
 
310 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.68 
 
 
310 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.68 
 
 
310 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  28.57 
 
 
332 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.68 
 
 
310 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.68 
 
 
310 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  29.59 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.57 
 
 
310 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  34.17 
 
 
356 aa  136  5e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  29.32 
 
 
311 aa  136  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  31.5 
 
 
294 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  34.26 
 
 
382 aa  135  8e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  33.21 
 
 
517 aa  135  9e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  29.21 
 
 
310 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.37 
 
 
275 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  34.04 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  27.71 
 
 
285 aa  132  7.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  29.12 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  31.39 
 
 
296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  29.13 
 
 
288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
299 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  32.95 
 
 
304 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  31.5 
 
 
296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  31.2 
 
 
296 aa  129  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  29.18 
 
 
294 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  31.6 
 
 
264 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  29.84 
 
 
274 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  29.84 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  28.84 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  31.18 
 
 
311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  32.69 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  29.07 
 
 
274 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  32.93 
 
 
276 aa  126  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  32.91 
 
 
265 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  30.56 
 
 
274 aa  125  9e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  31.32 
 
 
314 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  32.86 
 
 
308 aa  125  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.83 
 
 
304 aa  125  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3464  periplasmic binding protein  33.46 
 
 
304 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.328176  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  29.78 
 
 
291 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  33.33 
 
 
265 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  27.86 
 
 
321 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  28.38 
 
 
288 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  29.07 
 
 
274 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  28.66 
 
 
312 aa  124  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.3 
 
 
304 aa  124  3e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  29.72 
 
 
282 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>