More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0656 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  100 
 
 
308 aa  608  1e-173  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  52.24 
 
 
312 aa  310  2e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  52.91 
 
 
333 aa  307  1.0000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  51.35 
 
 
311 aa  277  1e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  45.71 
 
 
321 aa  276  3e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  47.64 
 
 
312 aa  252  6e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  48.7 
 
 
404 aa  250  2e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  47.02 
 
 
316 aa  246  4e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  44.4 
 
 
326 aa  224  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  44.02 
 
 
297 aa  221  9e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  35.13 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  36.88 
 
 
341 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  32.49 
 
 
318 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  35.74 
 
 
307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  32.32 
 
 
315 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  31.65 
 
 
315 aa  143  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.8 
 
 
322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  34.14 
 
 
354 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  31.6 
 
 
377 aa  126  6e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  31.58 
 
 
312 aa  125  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  27.39 
 
 
318 aa  125  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  31.29 
 
 
406 aa  124  1e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  29.87 
 
 
379 aa  123  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  33.11 
 
 
385 aa  121  9.999999999999999e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  30.66 
 
 
331 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  30.96 
 
 
363 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
289 aa  119  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  32.16 
 
 
328 aa  119  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  28.66 
 
 
305 aa  119  6e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  30.82 
 
 
322 aa  119  9e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  32.6 
 
 
289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  32.41 
 
 
351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  31.54 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  28.04 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  31.41 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  31.29 
 
 
338 aa  112  6e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  31.29 
 
 
338 aa  112  6e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  28.82 
 
 
321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  31.73 
 
 
323 aa  109  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  29.55 
 
 
293 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
292 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  29.74 
 
 
299 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  30.11 
 
 
288 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  30.29 
 
 
311 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  30.22 
 
 
337 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  28.39 
 
 
335 aa  108  2e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  32.69 
 
 
356 aa  107  3e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
303 aa  106  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  29.02 
 
 
276 aa  106  6e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.55 
 
 
289 aa  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  29.5 
 
 
338 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  30.57 
 
 
291 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.1 
 
 
303 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  31.92 
 
 
517 aa  102  7e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.15 
 
 
300 aa  102  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  28.42 
 
 
300 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  30.15 
 
 
296 aa  101  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.86 
 
 
311 aa  100  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
296 aa  99.8  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  27.5 
 
 
300 aa  99.4  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  27.27 
 
 
300 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  29.66 
 
 
300 aa  98.6  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  27.97 
 
 
274 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  29.24 
 
 
300 aa  97.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  28.1 
 
 
291 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  27.31 
 
 
279 aa  96.7  4e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  26.71 
 
 
274 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  26.28 
 
 
332 aa  95.9  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.28 
 
 
310 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.28 
 
 
310 aa  95.9  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.28 
 
 
310 aa  95.9  8e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.28 
 
 
310 aa  95.9  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.28 
 
 
310 aa  95.9  8e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.65 
 
 
339 aa  95.9  9e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  29.12 
 
 
297 aa  95.9  9e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  26.52 
 
 
318 aa  95.5  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  26.52 
 
 
300 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.28 
 
 
310 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  26.54 
 
 
274 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  32.16 
 
 
282 aa  94.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  25.91 
 
 
318 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.99 
 
 
287 aa  94  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  27.24 
 
 
303 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  29.96 
 
 
299 aa  93.6  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  28.9 
 
 
278 aa  93.6  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  25.58 
 
 
274 aa  93.2  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  28.42 
 
 
299 aa  92.8  6e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.63 
 
 
254 aa  92.4  9e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  31.25 
 
 
304 aa  92.4  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29.21 
 
 
287 aa  92  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  26.36 
 
 
275 aa  91.3  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
296 aa  90.9  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  30.37 
 
 
360 aa  90.9  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  29.14 
 
 
317 aa  90.9  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.86 
 
 
309 aa  90.9  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  28.63 
 
 
274 aa  90.1  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  30.36 
 
 
391 aa  90.1  4e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.82 
 
 
331 aa  90.5  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.12 
 
 
276 aa  89.4  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>