More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3106 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  100 
 
 
312 aa  631  1e-180  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  64.64 
 
 
382 aa  348  9e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  59.15 
 
 
305 aa  322  5e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  56.02 
 
 
306 aa  290  3e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  51.04 
 
 
289 aa  275  6e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  49.83 
 
 
299 aa  258  6e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  31.43 
 
 
309 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.38 
 
 
318 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  33.22 
 
 
289 aa  135  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  29.35 
 
 
318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  30.28 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  32.04 
 
 
317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  25.26 
 
 
315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  26.81 
 
 
315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.29 
 
 
307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  30.11 
 
 
328 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  32.77 
 
 
379 aa  122  5e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  31.27 
 
 
354 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  30.34 
 
 
341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  30.31 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.94 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  27.81 
 
 
321 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  33.91 
 
 
297 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  30.26 
 
 
313 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  25.84 
 
 
335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.07 
 
 
338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.09 
 
 
318 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29.59 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  26.67 
 
 
338 aa  109  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  26.67 
 
 
338 aa  109  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.17 
 
 
318 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.04 
 
 
351 aa  108  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.63 
 
 
339 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.27 
 
 
289 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  28.72 
 
 
291 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
303 aa  106  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.26 
 
 
337 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.52 
 
 
304 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  28.67 
 
 
293 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.36 
 
 
339 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.09 
 
 
296 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  31.43 
 
 
323 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  28.18 
 
 
356 aa  101  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  30.19 
 
 
296 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  27.06 
 
 
300 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  28.15 
 
 
312 aa  100  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  27.08 
 
 
391 aa  100  5e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.62 
 
 
313 aa  99.8  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
318 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  27.99 
 
 
284 aa  98.6  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  26.32 
 
 
311 aa  97.8  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  29.39 
 
 
304 aa  98.2  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  27.01 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.64 
 
 
310 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  29 
 
 
318 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  27.64 
 
 
310 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.64 
 
 
310 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  25.18 
 
 
296 aa  96.7  5e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.64 
 
 
310 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.64 
 
 
310 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  27.64 
 
 
332 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.64 
 
 
310 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.12 
 
 
478 aa  95.9  7e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  23.26 
 
 
295 aa  95.5  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  28.68 
 
 
292 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  29.01 
 
 
276 aa  95.1  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
296 aa  95.5  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.92 
 
 
517 aa  94.7  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.84 
 
 
304 aa  94.4  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  27.8 
 
 
293 aa  94.4  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  25.56 
 
 
299 aa  93.2  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  25.93 
 
 
300 aa  93.2  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  31.01 
 
 
304 aa  93.2  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  27.84 
 
 
304 aa  92.4  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  27.41 
 
 
317 aa  92.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  30.07 
 
 
321 aa  92  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  28.32 
 
 
300 aa  91.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  28.81 
 
 
282 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  26.34 
 
 
269 aa  90.9  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  22.36 
 
 
305 aa  90.5  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  27.65 
 
 
303 aa  90.9  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  27.34 
 
 
299 aa  90.1  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
284 aa  90.1  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
305 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
305 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
305 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  24.64 
 
 
300 aa  89.4  7e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.47 
 
 
300 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
305 aa  89  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  22.36 
 
 
305 aa  89  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.37 
 
 
303 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  30.23 
 
 
304 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  22.99 
 
 
363 aa  88.6  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  29.35 
 
 
312 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  26.21 
 
 
296 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3464  periplasmic binding protein  30.35 
 
 
304 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.328176  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  24.07 
 
 
292 aa  88.2  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2879  periplasmic binding protein  28.09 
 
 
270 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  26.56 
 
 
288 aa  87.8  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  25.26 
 
 
293 aa  87.8  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>