More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2664 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  100 
 
 		 303 aa  598  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  64.45 
 
 		 300 aa  326  3e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  56.49 
 
 		 289 aa  307  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  56.98 
 
 		 296 aa  297  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  55.32 
 
 		 296 aa  297  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  56.65 
 
 		 323 aa  297  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  54.71 
 
 		 288 aa  294  1e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  54.17 
 
 		 314 aa  294  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  52.94 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  54.92 
 
 		 311 aa  286  4e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  54.37 
 
 		 291 aa  285  5.999999999999999e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  52.83 
 
 		 292 aa  275  8e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  48.7 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  38.08 
 
 		 291 aa  205  9e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  38.85 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  40.8 
 
 		 289 aa  198  9e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  35.97 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30.63 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  30.34 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  27.44 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  30.53 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  30.53 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.02 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  26.64 
 
 		 322 aa  119  9e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 315 aa  118  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  29.92 
 
 		 337 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  29.55 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  28.31 
 
 		 318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  29.78 
 
 		 328 aa  112  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29.29 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.21 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  29.24 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  32.47 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.22 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.88 
 
 		 339 aa  106  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  28.84 
 
 		 312 aa  106  6e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.45 
 
 		 309 aa  105  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  24.57 
 
 		 295 aa  105  8e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  30.85 
 
 		 517 aa  105  8e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.39 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  32.85 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  29.86 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  30.94 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  25.36 
 
 		 363 aa  103  3e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  31.03 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  31.6 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23.19 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  28.33 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  31.75 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  26.94 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.26 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  30.04 
 
 		 404 aa  98.6  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  30.04 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  27.72 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.04 
 
 		 483 aa  97.8  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  34.52 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  26.53 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.57 
 
 		 478 aa  98.2  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.52 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  31.01 
 
 		 313 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  26.47 
 
 		 322 aa  96.7  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  43.75 
 
 		 331 aa  96.3  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.45 
 
 		 310 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.29 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.16 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.17 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.45 
 
 		 310 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.45 
 
 		 310 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.45 
 
 		 310 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  28.28 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.19 
 
 		 339 aa  94.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  27.49 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  23.7 
 
 		 318 aa  93.2  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.6 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  25.64 
 
 		 351 aa  93.2  5e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  30.6 
 
 		 332 aa  92.8  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  45.16 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  36.41 
 
 		 250 aa  91.7  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  26.38 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  34.09 
 
 		 270 aa  91.7  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  27.96 
 
 		 312 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.22 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  34.39 
 
 		 261 aa  89.4  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  29.69 
 
 		 326 aa  89.4  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  27.78 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 312 aa  88.2  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  30.08 
 
 		 263 aa  87.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  27.94 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  26.45 
 
 		 293 aa  86.7  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>