More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_28050 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  100 
 
 
311 aa  623  1e-177  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  50.48 
 
 
312 aa  302  4.0000000000000003e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  49.15 
 
 
312 aa  277  2e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  45.82 
 
 
321 aa  276  3e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  52.26 
 
 
308 aa  275  8e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  50 
 
 
316 aa  266  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  49.45 
 
 
404 aa  263  4e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  43.79 
 
 
333 aa  230  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  44.6 
 
 
326 aa  221  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  41.98 
 
 
297 aa  203  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  33.45 
 
 
341 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  28.85 
 
 
318 aa  129  8.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  31.18 
 
 
289 aa  125  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  31.44 
 
 
293 aa  123  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  29.09 
 
 
289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  28.42 
 
 
315 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.58 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  26.86 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  25.16 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.4 
 
 
315 aa  117  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  31.68 
 
 
322 aa  117  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  28.32 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
379 aa  116  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  30.07 
 
 
307 aa  114  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  24.84 
 
 
305 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.16 
 
 
322 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.11 
 
 
318 aa  112  8.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  24.84 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  29.7 
 
 
274 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  24.84 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  23.72 
 
 
295 aa  110  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  29.53 
 
 
291 aa  110  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  31.12 
 
 
328 aa  109  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  32.21 
 
 
385 aa  109  7.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
289 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  26.9 
 
 
311 aa  105  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  30.12 
 
 
294 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.77 
 
 
254 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  27.72 
 
 
299 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  28.2 
 
 
274 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  27.82 
 
 
363 aa  99.8  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
275 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.25 
 
 
304 aa  99.4  8e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  26.79 
 
 
314 aa  98.6  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  29.48 
 
 
275 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  27.21 
 
 
338 aa  97.4  3e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  27.21 
 
 
338 aa  97.4  3e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  26.47 
 
 
337 aa  97.1  3e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.82 
 
 
339 aa  97.4  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  29.48 
 
 
275 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  27.44 
 
 
274 aa  95.9  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  29.48 
 
 
275 aa  95.9  8e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  29.48 
 
 
275 aa  95.9  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  28.17 
 
 
303 aa  95.1  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  28.47 
 
 
311 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.1 
 
 
338 aa  94.4  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  26.12 
 
 
321 aa  92.8  7e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  28.81 
 
 
312 aa  92.4  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  28.94 
 
 
323 aa  92.4  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  27.55 
 
 
360 aa  92  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  29.73 
 
 
354 aa  92  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  26.18 
 
 
331 aa  92.4  1e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  27.17 
 
 
351 aa  91.3  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  29.37 
 
 
279 aa  91.3  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  26.09 
 
 
312 aa  90.9  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  24.91 
 
 
288 aa  90.5  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  28.1 
 
 
293 aa  89.7  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  27.74 
 
 
300 aa  89.4  8e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  25.47 
 
 
335 aa  89.4  8e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  25 
 
 
406 aa  87.4  2e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  25.76 
 
 
299 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  29.92 
 
 
309 aa  88.2  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  29.13 
 
 
278 aa  88.2  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  28.52 
 
 
275 aa  87.8  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  23.47 
 
 
291 aa  87.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.9 
 
 
339 aa  87  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  25.46 
 
 
296 aa  87  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  27.34 
 
 
300 aa  86.3  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.12 
 
 
311 aa  86.3  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
300 aa  85.9  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  25.09 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.87 
 
 
287 aa  85.1  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.42 
 
 
304 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  27.13 
 
 
293 aa  84.7  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
292 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  28.68 
 
 
294 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  27.27 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  27.24 
 
 
274 aa  82.8  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  27.38 
 
 
288 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  29.37 
 
 
276 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  26.85 
 
 
275 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
284 aa  81.3  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.96 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  29.96 
 
 
332 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.96 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.96 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.96 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.96 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  27.52 
 
 
282 aa  79.7  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
288 aa  79.7  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>