More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4081 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  100 
 
 
404 aa  817    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  87.5 
 
 
312 aa  530  1e-149  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  52.37 
 
 
321 aa  319  5e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  51.92 
 
 
312 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  54.95 
 
 
326 aa  275  1.0000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  48.44 
 
 
316 aa  271  1e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  48.66 
 
 
311 aa  268  2e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  50.77 
 
 
297 aa  266  7e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  46.91 
 
 
308 aa  258  2e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  44.75 
 
 
333 aa  249  7e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  35.23 
 
 
341 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  35.19 
 
 
307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
315 aa  131  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
315 aa  130  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  32.06 
 
 
289 aa  125  9e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  31.01 
 
 
379 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  32.26 
 
 
318 aa  124  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  29.19 
 
 
318 aa  123  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  29.14 
 
 
322 aa  123  6e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  25.24 
 
 
295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  25.24 
 
 
295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  30.65 
 
 
293 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  30.04 
 
 
305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  29.66 
 
 
305 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.62 
 
 
318 aa  116  6e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  30.08 
 
 
299 aa  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  31.53 
 
 
289 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  32.09 
 
 
323 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.18 
 
 
289 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.51 
 
 
304 aa  106  6e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  24.91 
 
 
295 aa  105  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  30.42 
 
 
291 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25.32 
 
 
318 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
288 aa  104  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  30.74 
 
 
335 aa  104  3e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  28.98 
 
 
406 aa  103  5e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  28.47 
 
 
300 aa  103  5e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  30.89 
 
 
377 aa  102  8e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  30.11 
 
 
291 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  29.67 
 
 
314 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  30 
 
 
288 aa  101  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  30.43 
 
 
300 aa  101  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
296 aa  100  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  28.71 
 
 
293 aa  99.8  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
303 aa  99  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  29.34 
 
 
294 aa  98.6  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
296 aa  98.6  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  27.86 
 
 
322 aa  97.4  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  26.89 
 
 
318 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  29.18 
 
 
312 aa  97.8  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  26.07 
 
 
274 aa  97.4  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  26.89 
 
 
318 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  28.62 
 
 
311 aa  96.7  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  29.41 
 
 
312 aa  95.9  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  27.38 
 
 
275 aa  95.9  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  26.07 
 
 
274 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  25.09 
 
 
328 aa  94.7  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  29.34 
 
 
299 aa  94.7  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29.57 
 
 
287 aa  93.6  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  26.12 
 
 
274 aa  93.2  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.76 
 
 
331 aa  93.2  8e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.46 
 
 
254 aa  92.8  9e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  29.37 
 
 
293 aa  92.4  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.91 
 
 
304 aa  92  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  23.2 
 
 
311 aa  90.9  3e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  28.73 
 
 
385 aa  90.5  5e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.43 
 
 
309 aa  90.5  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  26.32 
 
 
363 aa  90.5  5e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  27.18 
 
 
339 aa  89  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.25 
 
 
354 aa  89  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.84 
 
 
276 aa  89.4  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  29.18 
 
 
292 aa  89  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  26.07 
 
 
275 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  26.77 
 
 
300 aa  87.8  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  26.07 
 
 
275 aa  87.4  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  26.14 
 
 
317 aa  87.4  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.45 
 
 
287 aa  87  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.16 
 
 
268 aa  86.7  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  26.07 
 
 
275 aa  86.7  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  27.34 
 
 
299 aa  86.7  7e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  25.56 
 
 
300 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  28.2 
 
 
299 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  25.68 
 
 
275 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.28 
 
 
275 aa  85.1  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  28.46 
 
 
312 aa  85.1  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  30.08 
 
 
272 aa  85.1  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  28.51 
 
 
303 aa  85.1  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  25.68 
 
 
303 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.11 
 
 
313 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  28.16 
 
 
278 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  27.78 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
276 aa  84  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.87 
 
 
275 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
274 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  26.95 
 
 
300 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3901  periplasmic binding protein  25.74 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  26.58 
 
 
333 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  28.32 
 
 
391 aa  82.4  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.47 
 
 
280 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>