More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0266 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  100 
 
 
295 aa  589  1e-167  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  70.85 
 
 
295 aa  432  1e-120  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  70.85 
 
 
295 aa  432  1e-120  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  38.12 
 
 
318 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  41.57 
 
 
318 aa  200  3e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  37.29 
 
 
305 aa  169  7e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  36.42 
 
 
305 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  30.92 
 
 
322 aa  149  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  33.72 
 
 
341 aa  148  9e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  35.47 
 
 
318 aa  146  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
315 aa  139  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  33 
 
 
315 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  27.3 
 
 
322 aa  136  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  31.42 
 
 
354 aa  130  3e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  30.19 
 
 
297 aa  129  8.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  26.94 
 
 
311 aa  126  5e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30 
 
 
379 aa  124  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  28.01 
 
 
318 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.37 
 
 
304 aa  122  7e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  27.72 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  28.08 
 
 
289 aa  118  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  29.25 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  26.64 
 
 
312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27 
 
 
309 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  30.38 
 
 
321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  26.88 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  27.17 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  29.84 
 
 
351 aa  113  3e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  27.3 
 
 
289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  29.74 
 
 
317 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  26.95 
 
 
303 aa  112  6e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.12 
 
 
296 aa  112  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  26.19 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  22.15 
 
 
316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  28.08 
 
 
321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  28.85 
 
 
363 aa  108  9.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  30.77 
 
 
300 aa  108  9.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  26.98 
 
 
291 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.56 
 
 
275 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
328 aa  106  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24 
 
 
311 aa  105  8e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  24.91 
 
 
404 aa  105  9e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  26.15 
 
 
299 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  26.5 
 
 
293 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.25 
 
 
304 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  24.9 
 
 
265 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  24.8 
 
 
268 aa  102  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.93 
 
 
309 aa  102  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  25.88 
 
 
287 aa  102  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.27 
 
 
262 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  27.31 
 
 
312 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.27 
 
 
266 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.27 
 
 
262 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.27 
 
 
262 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.27 
 
 
262 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  25.5 
 
 
276 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0535  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
314 aa  100  3e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  24.92 
 
 
304 aa  99.8  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  27.38 
 
 
261 aa  99.8  5e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  25.56 
 
 
288 aa  99  8e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  26.52 
 
 
312 aa  98.2  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  28.14 
 
 
289 aa  98.2  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00157  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.91 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3444  periplasmic binding protein  27.91 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0163  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.91 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.5 
 
 
313 aa  97.4  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0162  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.91 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00156  hypothetical protein  27.91 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.316454  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  23.48 
 
 
272 aa  97.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.05 
 
 
338 aa  97.4  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0170  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.91 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  25.35 
 
 
276 aa  98.2  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  25.49 
 
 
303 aa  97.8  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3501  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.91 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  24.65 
 
 
312 aa  97.1  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  25.78 
 
 
270 aa  97.1  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.4 
 
 
275 aa  97.1  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  24.71 
 
 
300 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  27.67 
 
 
299 aa  96.7  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0168  vitamin B12-transporter protein BtuF  27.52 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  23.26 
 
 
312 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  25.85 
 
 
280 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  25.85 
 
 
280 aa  94.4  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  24.32 
 
 
314 aa  94.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  25.85 
 
 
280 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.29 
 
 
337 aa  94.4  2e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  23 
 
 
287 aa  93.2  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  24.83 
 
 
303 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  26.12 
 
 
296 aa  92.8  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  24.81 
 
 
318 aa  92.4  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  25.87 
 
 
276 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  26.5 
 
 
300 aa  92.4  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  24.03 
 
 
303 aa  92.4  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  23.74 
 
 
293 aa  91.7  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  23.64 
 
 
304 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
296 aa  91.7  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  26.12 
 
 
296 aa  91.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25 
 
 
338 aa  90.9  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25 
 
 
338 aa  90.9  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>