More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1449 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  100 
 
 		 316 aa  629  1e-179  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  50.62 
 
 		 321 aa  316  3e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  52.6 
 
 		 312 aa  312  5.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  51.54 
 
 		 312 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  50.5 
 
 		 311 aa  272  4.0000000000000004e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  51.92 
 
 		 404 aa  269  5e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  51.84 
 
 		 326 aa  258  9e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  46.37 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  42.64 
 
 		 333 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  45.17 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  35.54 
 
 		 341 aa  139  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  34.21 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  30.69 
 
 		 318 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  26.1 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  26.28 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  31.68 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  29.31 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  36.61 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  30.82 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  31.32 
 
 		 379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  32.66 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  21.81 
 
 		 295 aa  113  5e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  30.41 
 
 		 289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  26.52 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  22.19 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  22.19 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  29.66 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  29.24 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 274 aa  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 318 aa  106  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  31.35 
 
 		 315 aa  106  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  32.37 
 
 		 292 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  31.08 
 
 		 293 aa  105  9e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  28.67 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  30.12 
 
 		 274 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  27.11 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  29.76 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  29.34 
 
 		 274 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  30.14 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 294 aa  99  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  29.89 
 
 		 331 aa  98.6  1e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  29.74 
 
 		 311 aa  98.2  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  29.07 
 
 		 338 aa  96.3  5e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  28.35 
 
 		 335 aa  96.3  6e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  27.45 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  28.36 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.36 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  31.52 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 288 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  30.71 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.3 
 
 		 254 aa  93.6  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  25.16 
 
 		 317 aa  93.6  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  30.61 
 
 		 274 aa  93.2  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  29.64 
 
 		 294 aa  92.8  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.3 
 
 		 275 aa  92.8  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  29.39 
 
 		 354 aa  92.8  8e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.74 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  30.6 
 
 		 278 aa  90.9  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  28.3 
 
 		 321 aa  90.5  3e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.23 
 
 		 287 aa  90.1  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.3 
 
 		 287 aa  90.1  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 296 aa  90.1  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 291 aa  90.1  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 299 aa  90.1  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  31.8 
 
 		 288 aa  89.7  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  29.96 
 
 		 478 aa  89.4  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  31.06 
 
 		 275 aa  89  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  30.5 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  29.74 
 
 		 276 aa  89  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  29.43 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  32.95 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  30.36 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  30.83 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.77 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  30.88 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  28.17 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  28.34 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  30.18 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  26.74 
 
 		 337 aa  84  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  29.04 
 
 		 406 aa  83.2  0.000000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  28.09 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  29.03 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  25.71 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  29.52 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 275 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 275 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.47 
 
 		 351 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  28.96 
 
 		 275 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  28.69 
 
 		 276 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  29.3 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  30.69 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  30.68 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  30.68 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  30.68 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0585  periplasmic binding protein  24.42 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>