More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004473 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  100 
 
 		 274 aa  571  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  83.94 
 
 		 275 aa  495  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  59.19 
 
 		 276 aa  353  2e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  46.97 
 
 		 280 aa  253  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  46.97 
 
 		 280 aa  252  6e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  46.59 
 
 		 280 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  42.17 
 
 		 268 aa  224  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  44.62 
 
 		 265 aa  218  7e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  42.52 
 
 		 275 aa  216  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  37.69 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  37.17 
 
 		 274 aa  216  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  35.14 
 
 		 275 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  36.06 
 
 		 274 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  39.78 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.1 
 
 		 254 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.08 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  35.51 
 
 		 278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  36.06 
 
 		 274 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  32.97 
 
 		 276 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  35.58 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  35.82 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  36.06 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  37.55 
 
 		 275 aa  205  6e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  35.97 
 
 		 274 aa  205  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  38.78 
 
 		 318 aa  205  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  36.43 
 
 		 275 aa  205  8e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  36.43 
 
 		 275 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  36.43 
 
 		 275 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  38.4 
 
 		 318 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  36.06 
 
 		 275 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  35.02 
 
 		 300 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  36.76 
 
 		 288 aa  202  6e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  43.7 
 
 		 272 aa  201  7e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.79 
 
 		 313 aa  198  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  38.04 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  36.4 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0698  vitamin B12-transporter protein BtuF  38.2 
 
 		 265 aa  194  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  36.82 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  36.9 
 
 		 349 aa  192  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  36.02 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  36.02 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  35.83 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  35.63 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  35.88 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  36.72 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  38.52 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  35.52 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  36.57 
 
 		 339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  36.02 
 
 		 310 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  36.02 
 
 		 310 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  36.02 
 
 		 310 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  36.02 
 
 		 310 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.04 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.04 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.04 
 
 		 266 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.04 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.04 
 
 		 262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  35.27 
 
 		 284 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  35.43 
 
 		 294 aa  181  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  34.5 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  36.25 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3444  periplasmic binding protein  37.27 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  36.22 
 
 		 285 aa  178  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3501  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.27 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0163  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.27 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0170  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.27 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0162  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.27 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00157  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.27 
 
 		 266 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00156  hypothetical protein  37.27 
 
 		 266 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.316454  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0168  vitamin B12-transporter protein BtuF  36.9 
 
 		 266 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  32.96 
 
 		 282 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  31.8 
 
 		 304 aa  168  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 331 aa  167  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  34.26 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  35.29 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  34.26 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  34.9 
 
 		 310 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  31.6 
 
 		 265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  31.6 
 
 		 265 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  30.24 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  34.58 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  32.65 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  31.56 
 
 		 287 aa  132  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  30.2 
 
 		 341 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5009  periplasmic binding protein  30.86 
 
 		 266 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  29.13 
 
 		 318 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  30 
 
 		 318 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 354 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  30.18 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0524  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 270 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0577  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 270 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0570  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 270 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  29.81 
 
 		 303 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.14 
 
 		 315 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>