More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1231 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  100 
 
 
312 aa  626  1e-178  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  68.03 
 
 
321 aa  440  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  54.73 
 
 
312 aa  309  2.9999999999999997e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  52.35 
 
 
316 aa  303  2.0000000000000002e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  53.08 
 
 
308 aa  301  1e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  54.58 
 
 
404 aa  296  4e-79  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  54.38 
 
 
311 aa  293  2e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  48.06 
 
 
333 aa  273  3e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  53.26 
 
 
326 aa  266  4e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  47.13 
 
 
297 aa  242  7e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  34.07 
 
 
318 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  32.87 
 
 
341 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  33.57 
 
 
289 aa  142  6e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  31.53 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30.52 
 
 
379 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
289 aa  138  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  34.77 
 
 
300 aa  136  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  33.96 
 
 
293 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  32.03 
 
 
312 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  30.88 
 
 
307 aa  132  5e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  32.32 
 
 
315 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  31.4 
 
 
315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
299 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  32.27 
 
 
318 aa  124  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  32.25 
 
 
289 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  32.58 
 
 
292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.06 
 
 
322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  27.33 
 
 
305 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  30.91 
 
 
288 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  27.51 
 
 
318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
278 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  32.48 
 
 
335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  28.26 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  26.37 
 
 
295 aa  117  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  26.37 
 
 
295 aa  117  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  26.64 
 
 
295 aa  116  5e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  30.66 
 
 
291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  31.41 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  29.3 
 
 
274 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  29.23 
 
 
311 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  29.3 
 
 
274 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  30.74 
 
 
328 aa  112  6e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  32.62 
 
 
351 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  29.28 
 
 
274 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  27.92 
 
 
311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  26.69 
 
 
322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  29.93 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  31.87 
 
 
291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  33.99 
 
 
309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  31.54 
 
 
294 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  29.41 
 
 
296 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.69 
 
 
254 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  34.41 
 
 
279 aa  107  4e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
321 aa  106  4e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  30.74 
 
 
363 aa  107  4e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.39 
 
 
309 aa  105  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  28.84 
 
 
303 aa  105  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  28.99 
 
 
318 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  29.77 
 
 
296 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  30.34 
 
 
331 aa  104  2e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.77 
 
 
300 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.12 
 
 
275 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  28.99 
 
 
318 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  29.37 
 
 
300 aa  103  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  29.39 
 
 
296 aa  103  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29.63 
 
 
287 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  29 
 
 
274 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  28.63 
 
 
288 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  28.47 
 
 
300 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  29.1 
 
 
276 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
294 aa  100  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  28.93 
 
 
406 aa  100  4e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  28.87 
 
 
354 aa  100  5e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  30.24 
 
 
303 aa  99.8  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  29.89 
 
 
288 aa  99.4  7e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  31.94 
 
 
356 aa  98.6  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
304 aa  99  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.51 
 
 
304 aa  99  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
293 aa  98.6  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  27.55 
 
 
276 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  31.94 
 
 
517 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  31.84 
 
 
304 aa  97.4  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.59 
 
 
313 aa  95.9  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.24 
 
 
300 aa  95.9  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  31 
 
 
313 aa  95.9  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  30.63 
 
 
300 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  28.05 
 
 
293 aa  95.1  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  27.31 
 
 
274 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.98 
 
 
304 aa  94.7  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  28.67 
 
 
385 aa  94.7  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.54 
 
 
303 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  24.41 
 
 
299 aa  93.6  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.85 
 
 
478 aa  93.6  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.61 
 
 
339 aa  93.2  5e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  29.84 
 
 
312 aa  92  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  29.66 
 
 
303 aa  92  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.2 
 
 
300 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  27.22 
 
 
355 aa  90.9  3e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  31.09 
 
 
299 aa  90.5  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  27.34 
 
 
275 aa  90.1  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>