More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2621 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  100 
 
 
299 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  65.14 
 
 
288 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  67.03 
 
 
289 aa  381  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  68.4 
 
 
291 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  64.91 
 
 
323 aa  360  1e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  61.29 
 
 
296 aa  353  2e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  62.22 
 
 
296 aa  350  1e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  63.7 
 
 
311 aa  350  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  58.58 
 
 
292 aa  312  4.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  55.64 
 
 
314 aa  293  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  52.94 
 
 
303 aa  291  8e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  54.3 
 
 
300 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  44.36 
 
 
312 aa  230  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  43.23 
 
 
293 aa  229  5e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  39.51 
 
 
291 aa  218  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  40.46 
 
 
289 aa  201  9.999999999999999e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  39.04 
 
 
289 aa  189  5e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  35.38 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  37.04 
 
 
341 aa  139  6e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  35.25 
 
 
318 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  31.64 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  31.97 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  31.09 
 
 
300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  34.51 
 
 
276 aa  125  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
312 aa  125  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
328 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  32.6 
 
 
315 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  28.94 
 
 
322 aa  123  4e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  31.11 
 
 
315 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  32.97 
 
 
317 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  32.19 
 
 
309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
379 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.91 
 
 
287 aa  119  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  31.52 
 
 
321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  32.96 
 
 
307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  31.4 
 
 
303 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  30.57 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.41 
 
 
313 aa  112  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  30.08 
 
 
404 aa  112  9e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  32.74 
 
 
303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  31.1 
 
 
337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  31.71 
 
 
300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  30.85 
 
 
338 aa  110  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  30.85 
 
 
338 aa  110  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
303 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  36.51 
 
 
261 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  29.66 
 
 
299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
333 aa  109  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  30.15 
 
 
339 aa  109  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  30.38 
 
 
326 aa  108  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  33.79 
 
 
318 aa  108  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  29.74 
 
 
308 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  30.94 
 
 
318 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  30.29 
 
 
285 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  31.05 
 
 
293 aa  105  6e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  30.51 
 
 
318 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.79 
 
 
310 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.79 
 
 
310 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.79 
 
 
310 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.27 
 
 
310 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.79 
 
 
310 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
313 aa  105  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  32.27 
 
 
332 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  28.83 
 
 
363 aa  105  9e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  28.33 
 
 
300 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  29.89 
 
 
300 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  28.95 
 
 
299 aa  104  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
351 aa  104  2e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  28.76 
 
 
295 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  28.76 
 
 
295 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  28.85 
 
 
318 aa  103  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  28.9 
 
 
300 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  32.98 
 
 
339 aa  103  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.53 
 
 
287 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  35.86 
 
 
270 aa  103  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  31.1 
 
 
338 aa  103  5e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  30.18 
 
 
309 aa  102  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.56 
 
 
310 aa  102  7e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  28.62 
 
 
297 aa  102  9e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  31.23 
 
 
265 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.72 
 
 
311 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  27.21 
 
 
305 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  30.3 
 
 
296 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  28.4 
 
 
293 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  27.89 
 
 
299 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  26.94 
 
 
305 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  31.07 
 
 
354 aa  100  3e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  32.22 
 
 
304 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.34 
 
 
483 aa  99  9e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  28.08 
 
 
297 aa  99  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  32 
 
 
356 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  31.06 
 
 
305 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  31.87 
 
 
308 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  29.39 
 
 
296 aa  97.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  29.75 
 
 
316 aa  96.7  4e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  29.24 
 
 
284 aa  96.7  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  31.87 
 
 
310 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  27.67 
 
 
295 aa  96.7  5e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  30.22 
 
 
305 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>