More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2550 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  100 
 
 		 289 aa  574  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  67.66 
 
 		 299 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  64.58 
 
 		 288 aa  378  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  62.8 
 
 		 296 aa  352  2.9999999999999997e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  65.79 
 
 		 291 aa  352  5e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  64.07 
 
 		 296 aa  343  2e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  63.81 
 
 		 311 aa  341  7e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  62.22 
 
 		 323 aa  332  3e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  59.85 
 
 		 292 aa  305  5.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  57.56 
 
 		 303 aa  301  6.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  58.2 
 
 		 300 aa  288  6e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  56.39 
 
 		 314 aa  287  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  50.38 
 
 		 312 aa  253  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  41.44 
 
 		 293 aa  209  5e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  36.65 
 
 		 291 aa  205  6e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  42.54 
 
 		 289 aa  200  1.9999999999999998e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  38.69 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  32.25 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  32.61 
 
 		 318 aa  122  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  31.41 
 
 		 318 aa  122  9e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  31.88 
 
 		 341 aa  121  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  27.64 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  32.97 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  39.92 
 
 		 318 aa  119  7.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  30 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  32.85 
 
 		 308 aa  116  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  32.72 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  27.44 
 
 		 300 aa  115  6e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  33.45 
 
 		 303 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  30.71 
 
 		 276 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30.04 
 
 		 309 aa  112  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  28.68 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.82 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  29.6 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  29.6 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  26.44 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  30.36 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  29.24 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.02 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.92 
 
 		 315 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  32.09 
 
 		 404 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  31.09 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  31.54 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.97 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  29.73 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 337 aa  106  4e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 312 aa  106  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  30.32 
 
 		 318 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  30.18 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.52 
 
 		 483 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.21 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 379 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  26.94 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  31.27 
 
 		 478 aa  103  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  30.48 
 
 		 303 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  29.46 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  30.45 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  31.73 
 
 		 317 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  30.07 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  29.13 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  31.8 
 
 		 304 aa  99.8  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.78 
 
 		 310 aa  99.8  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.78 
 
 		 310 aa  99.8  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  29.78 
 
 		 332 aa  99.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  31.97 
 
 		 326 aa  99.8  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.78 
 
 		 310 aa  99.8  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.78 
 
 		 310 aa  99.8  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.78 
 
 		 310 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  31.02 
 
 		 313 aa  99  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  28.14 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  31.39 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.41 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.48 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  30.29 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  30.77 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  31.75 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  33.08 
 
 		 261 aa  96.7  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.84 
 
 		 304 aa  96.3  5e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  33.58 
 
 		 297 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  31.94 
 
 		 270 aa  95.5  8e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  30.29 
 
 		 293 aa  95.9  8e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  27.43 
 
 		 293 aa  95.5  9e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.79 
 
 		 287 aa  94.7  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  29.2 
 
 		 406 aa  94.7  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  30.03 
 
 		 297 aa  94  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  29.69 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  35.82 
 
 		 304 aa  92  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  32.25 
 
 		 311 aa  92.4  9e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  24.26 
 
 		 363 aa  91.7  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  30.69 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>