More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0025 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  100 
 
 
289 aa  581  1.0000000000000001e-165  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  53.74 
 
 
289 aa  304  1.0000000000000001e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  54.41 
 
 
293 aa  303  2.0000000000000002e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  49.66 
 
 
291 aa  289  4e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  41.9 
 
 
289 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  40.46 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  41.13 
 
 
291 aa  199  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  40.22 
 
 
288 aa  199  5e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  40.8 
 
 
303 aa  199  6e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  38.13 
 
 
296 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  37.77 
 
 
296 aa  192  4e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  39.03 
 
 
311 aa  192  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  41.35 
 
 
292 aa  192  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  39.27 
 
 
312 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  38.16 
 
 
341 aa  183  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  37.65 
 
 
300 aa  182  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  37.55 
 
 
323 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  38.98 
 
 
314 aa  181  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  37.15 
 
 
379 aa  178  8e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  37.68 
 
 
338 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  37.68 
 
 
338 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  36.07 
 
 
338 aa  167  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  35.11 
 
 
307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  36.07 
 
 
337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  33.1 
 
 
318 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  32.39 
 
 
318 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  33.69 
 
 
328 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.5 
 
 
318 aa  152  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  29.57 
 
 
315 aa  152  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  31.82 
 
 
322 aa  145  6e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
312 aa  143  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  31.05 
 
 
318 aa  140  3e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  33.96 
 
 
296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  30.72 
 
 
305 aa  135  8e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  33.56 
 
 
483 aa  130  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
322 aa  130  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  32.68 
 
 
478 aa  129  6e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  29.75 
 
 
339 aa  129  6e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  29.74 
 
 
305 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  33.45 
 
 
303 aa  127  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  30.43 
 
 
363 aa  127  3e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  30.85 
 
 
331 aa  125  6e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  32.38 
 
 
351 aa  125  1e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
313 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  33.1 
 
 
287 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.72 
 
 
311 aa  123  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.7 
 
 
304 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  31.11 
 
 
321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  29.77 
 
 
335 aa  120  3e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  26.42 
 
 
295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  31.93 
 
 
316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  29.97 
 
 
354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  33.2 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  31.15 
 
 
297 aa  116  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  31.39 
 
 
304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29.3 
 
 
293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  28.31 
 
 
275 aa  113  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  27.49 
 
 
299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  30.91 
 
 
312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  31.34 
 
 
517 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  28.72 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  28.33 
 
 
299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  26.88 
 
 
312 aa  110  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.8 
 
 
304 aa  109  5e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  31.3 
 
 
270 aa  109  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.43 
 
 
356 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  31.89 
 
 
261 aa  108  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  27.08 
 
 
312 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  27.06 
 
 
311 aa  107  3e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
269 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  31.01 
 
 
404 aa  107  3e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.83 
 
 
300 aa  105  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  29.59 
 
 
297 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  30.55 
 
 
308 aa  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.33 
 
 
287 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  34.72 
 
 
304 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  27.57 
 
 
295 aa  104  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  34.72 
 
 
304 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  27.57 
 
 
295 aa  104  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  31.7 
 
 
300 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.98 
 
 
309 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.62 
 
 
300 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  30.28 
 
 
318 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.32 
 
 
311 aa  103  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  31.62 
 
 
276 aa  103  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  29.63 
 
 
263 aa  102  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  26.56 
 
 
299 aa  102  5e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  26.4 
 
 
293 aa  102  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  26.45 
 
 
274 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  29.35 
 
 
406 aa  103  5e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.7 
 
 
313 aa  102  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.02 
 
 
254 aa  102  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  26.45 
 
 
274 aa  102  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3464  periplasmic binding protein  34.6 
 
 
304 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.328176  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  28.15 
 
 
333 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.95 
 
 
300 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>