More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0840 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  100 
 
 
304 aa  618  1e-176  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  38.02 
 
 
307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  33.21 
 
 
338 aa  159  6e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  34.52 
 
 
335 aa  157  2e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  35.16 
 
 
331 aa  155  6e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
337 aa  155  6e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  32.62 
 
 
338 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  32.62 
 
 
338 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  36.26 
 
 
351 aa  150  3e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  37.08 
 
 
356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  34.64 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  36.09 
 
 
517 aa  142  6e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  35.66 
 
 
309 aa  142  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  34.96 
 
 
354 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  36.33 
 
 
304 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  35.69 
 
 
304 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  34.08 
 
 
321 aa  137  2e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1518  periplasmic binding protein  36.19 
 
 
315 aa  135  8e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  34.59 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  32.58 
 
 
318 aa  133  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  35.96 
 
 
296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  32.22 
 
 
315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  30.82 
 
 
315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0117  periplasmic binding protein  31.03 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  32.47 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  32.09 
 
 
341 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  33.83 
 
 
313 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  33.7 
 
 
318 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3464  periplasmic binding protein  36.33 
 
 
304 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.328176  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  32.73 
 
 
318 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.98 
 
 
300 aa  122  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  36.47 
 
 
287 aa  122  7e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  28.83 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  31.5 
 
 
328 aa  116  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  29.23 
 
 
322 aa  115  8.999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  31.72 
 
 
363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  31.39 
 
 
289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3574  periplasmic binding protein  31.88 
 
 
307 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0136612 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  32.45 
 
 
293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  31.48 
 
 
297 aa  109  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  30.4 
 
 
276 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  31.7 
 
 
322 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  28.91 
 
 
297 aa  108  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
299 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  31.03 
 
 
284 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.84 
 
 
300 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  27.31 
 
 
317 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.08 
 
 
331 aa  107  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  31.13 
 
 
293 aa  106  5e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  31.33 
 
 
318 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  30.92 
 
 
318 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.1 
 
 
313 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  33.17 
 
 
300 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  28.62 
 
 
312 aa  102  6e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.32 
 
 
483 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  29.9 
 
 
291 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  29.89 
 
 
289 aa  101  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  32.96 
 
 
303 aa  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.26 
 
 
339 aa  100  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.28 
 
 
275 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  24.92 
 
 
295 aa  99.8  5e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  30.65 
 
 
296 aa  99.4  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
294 aa  99.4  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
312 aa  99  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  27.87 
 
 
293 aa  98.6  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  29.39 
 
 
312 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  30.12 
 
 
300 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  29.29 
 
 
310 aa  98.2  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  30.65 
 
 
296 aa  98.2  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.37 
 
 
304 aa  97.4  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  26.14 
 
 
276 aa  97.1  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.53 
 
 
309 aa  96.7  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  27.5 
 
 
288 aa  96.7  5e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  27.45 
 
 
295 aa  96.3  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  27.48 
 
 
285 aa  96.3  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  27.45 
 
 
295 aa  96.3  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.8 
 
 
321 aa  95.9  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.9 
 
 
287 aa  95.9  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
296 aa  95.9  7e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.23 
 
 
304 aa  95.1  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
382 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  31.86 
 
 
312 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  26.52 
 
 
274 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.7 
 
 
478 aa  94.7  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  28.41 
 
 
299 aa  94.7  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.67 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  26.52 
 
 
274 aa  94  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  26.59 
 
 
270 aa  93.6  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  28.26 
 
 
305 aa  93.6  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.41 
 
 
339 aa  93.2  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.57 
 
 
310 aa  92.8  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.15 
 
 
311 aa  92.8  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  31.25 
 
 
308 aa  92.4  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.57 
 
 
310 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  28.68 
 
 
332 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.68 
 
 
310 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.68 
 
 
310 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  26.52 
 
 
274 aa  92  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  27.03 
 
 
282 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.68 
 
 
310 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>