More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0029 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  100 
 
 
287 aa  573  1.0000000000000001e-163  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  44.57 
 
 
309 aa  257  2e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  39.69 
 
 
296 aa  210  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  35.79 
 
 
338 aa  170  2e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  34.57 
 
 
351 aa  166  5e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  37.13 
 
 
307 aa  165  6.9999999999999995e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  34.32 
 
 
338 aa  163  3e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  34.32 
 
 
338 aa  163  3e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  34.32 
 
 
337 aa  161  1e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  31.6 
 
 
315 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  29.78 
 
 
331 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  31.6 
 
 
315 aa  155  8e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  31.29 
 
 
363 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  35.59 
 
 
313 aa  149  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  31.73 
 
 
341 aa  149  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  33.7 
 
 
300 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  29.3 
 
 
335 aa  149  7e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  34.55 
 
 
328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  37.41 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  31.46 
 
 
300 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  33.09 
 
 
354 aa  144  2e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.51 
 
 
318 aa  143  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  33.94 
 
 
318 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  34.7 
 
 
318 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  30.94 
 
 
321 aa  142  8e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  32.71 
 
 
300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  31.84 
 
 
285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  29.8 
 
 
274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  32.57 
 
 
300 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  35.69 
 
 
284 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  29.8 
 
 
274 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  29.8 
 
 
274 aa  137  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  30.91 
 
 
303 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  32.5 
 
 
284 aa  138  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.2 
 
 
254 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  35.59 
 
 
287 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  29.8 
 
 
322 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  34.69 
 
 
293 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30 
 
 
275 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  31.56 
 
 
274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  31.67 
 
 
379 aa  135  9e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  26.43 
 
 
318 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  32.46 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  35.66 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  34.57 
 
 
339 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  31.52 
 
 
296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  34.69 
 
 
356 aa  132  5e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  37 
 
 
304 aa  132  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  36.84 
 
 
304 aa  132  5e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  34 
 
 
268 aa  132  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  28.41 
 
 
300 aa  132  6e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  33.96 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  33.96 
 
 
332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.96 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.96 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.96 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.96 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.96 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  35.06 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  36.63 
 
 
304 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  28.29 
 
 
275 aa  129  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  33.58 
 
 
517 aa  129  6e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  28.34 
 
 
275 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  28.4 
 
 
294 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  30.49 
 
 
275 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  33.97 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  28.35 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  29.56 
 
 
322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  28.4 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  31.77 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  28.4 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  31.54 
 
 
291 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  28.8 
 
 
274 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  33.2 
 
 
280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  33.84 
 
 
317 aa  126  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
289 aa  126  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  33.2 
 
 
280 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
276 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
300 aa  125  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  33.6 
 
 
280 aa  125  9e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  33.09 
 
 
305 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  33.09 
 
 
289 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  33.33 
 
 
275 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.27 
 
 
318 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  32.37 
 
 
312 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  33.09 
 
 
305 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  33.09 
 
 
305 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
321 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  30.71 
 
 
309 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  32.96 
 
 
382 aa  123  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
305 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  32.6 
 
 
323 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  31.3 
 
 
276 aa  122  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  35.08 
 
 
272 aa  122  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  31.91 
 
 
296 aa  122  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  30.91 
 
 
299 aa  122  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.56 
 
 
304 aa  122  9e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  32.44 
 
 
304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>