More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_68 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  94 
 
 
356 aa  672    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  100 
 
 
517 aa  1054    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0296  precorrin-6Y C5,15-methyltransferase, putative  93.37 
 
 
166 aa  322  9.999999999999999e-87  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  40.65 
 
 
338 aa  225  1e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  40.79 
 
 
338 aa  224  2e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  40.79 
 
 
338 aa  224  2e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  40.79 
 
 
337 aa  225  2e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  39.71 
 
 
307 aa  193  8e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  36.96 
 
 
354 aa  179  1e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  36.92 
 
 
331 aa  176  9e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  35.53 
 
 
335 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  39.19 
 
 
351 aa  175  1.9999999999999998e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  36.93 
 
 
315 aa  172  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  36.93 
 
 
315 aa  172  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
341 aa  164  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  35.25 
 
 
309 aa  153  8e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  34.07 
 
 
321 aa  145  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  32.13 
 
 
318 aa  144  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  32 
 
 
300 aa  143  9e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  36.09 
 
 
304 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  32.28 
 
 
363 aa  139  1e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  33.97 
 
 
296 aa  138  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_78  tetrapyrrole methylase, precorrin-6Y C5,15-methyltransferase  36.65 
 
 
240 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  34.53 
 
 
300 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0298  hypothetical protein  84.21 
 
 
95 aa  134  5e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000376041  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  30.53 
 
 
339 aa  133  6e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  30.65 
 
 
322 aa  133  7.999999999999999e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  31.29 
 
 
318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.94 
 
 
318 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  35.16 
 
 
303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  32.85 
 
 
328 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0240  tetrapyrrole methylase family protein  35.29 
 
 
240 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  30.55 
 
 
322 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  32.86 
 
 
293 aa  124  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  31.94 
 
 
379 aa  123  8e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  30.69 
 
 
300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  29.5 
 
 
318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  33.58 
 
 
287 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  29.01 
 
 
483 aa  119  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  30.71 
 
 
274 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  30.19 
 
 
300 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.66 
 
 
304 aa  117  5e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  29.41 
 
 
478 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.78 
 
 
300 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.45 
 
 
331 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.37 
 
 
310 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  29.41 
 
 
311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  29 
 
 
332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
318 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  31.34 
 
 
289 aa  112  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
318 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29 
 
 
310 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.96 
 
 
275 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.63 
 
 
310 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.74 
 
 
303 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.63 
 
 
310 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.63 
 
 
310 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.63 
 
 
310 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.67 
 
 
287 aa  110  9.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  30.26 
 
 
300 aa  109  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  30.65 
 
 
269 aa  109  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  31.08 
 
 
310 aa  109  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  28.82 
 
 
359 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  28.74 
 
 
288 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.32 
 
 
321 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  31.07 
 
 
291 aa  108  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.81 
 
 
309 aa  107  7e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.9 
 
 
313 aa  106  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  30.85 
 
 
303 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  26.38 
 
 
276 aa  105  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
293 aa  104  4e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  26.98 
 
 
297 aa  103  5e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  29.63 
 
 
317 aa  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  29.37 
 
 
304 aa  103  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.16 
 
 
339 aa  103  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  32.33 
 
 
250 aa  103  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
296 aa  103  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  29.26 
 
 
305 aa  103  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  31.92 
 
 
308 aa  102  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  27.37 
 
 
380 aa  102  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  27.56 
 
 
275 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  27.95 
 
 
278 aa  102  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  31.44 
 
 
304 aa  101  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  25.98 
 
 
294 aa  101  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  26.87 
 
 
303 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  28.47 
 
 
284 aa  100  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  27.17 
 
 
275 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  27.17 
 
 
275 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  27.17 
 
 
275 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  26.26 
 
 
299 aa  100  8e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  29.02 
 
 
257 aa  99.8  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  26.87 
 
 
300 aa  99  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.14 
 
 
304 aa  98.6  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  29.3 
 
 
255 aa  99  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  28.09 
 
 
305 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  28.09 
 
 
305 aa  98.6  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  29.62 
 
 
288 aa  98.6  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  27.56 
 
 
317 aa  98.2  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  25.86 
 
 
274 aa  98.2  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
293 aa  98.2  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>