More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1923 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  100 
 
 
284 aa  568  1e-161  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  51.76 
 
 
296 aa  314  9.999999999999999e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  51.59 
 
 
300 aa  311  1e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  56.25 
 
 
311 aa  306  2.0000000000000002e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  52.96 
 
 
300 aa  304  9.000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  55.43 
 
 
321 aa  300  1e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  51.65 
 
 
317 aa  291  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  49.63 
 
 
300 aa  285  7e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  47.25 
 
 
300 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.84 
 
 
313 aa  250  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  45.05 
 
 
303 aa  248  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  46.89 
 
 
303 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  40.88 
 
 
309 aa  245  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  43.66 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  45.79 
 
 
310 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  45.79 
 
 
310 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  45.79 
 
 
310 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  45.79 
 
 
310 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  44.69 
 
 
318 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  45.79 
 
 
310 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  45.79 
 
 
332 aa  242  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  45.71 
 
 
339 aa  242  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  45.42 
 
 
310 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  45 
 
 
305 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  45 
 
 
305 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  45 
 
 
305 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  47.06 
 
 
305 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  43.59 
 
 
318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  44.16 
 
 
304 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  41.61 
 
 
300 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  44.93 
 
 
308 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  40.66 
 
 
331 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  44.89 
 
 
310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  37.8 
 
 
285 aa  218  7.999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  41.64 
 
 
284 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  39.92 
 
 
294 aa  203  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.43 
 
 
287 aa  199  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  37.08 
 
 
294 aa  198  7e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  40.77 
 
 
275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  40.86 
 
 
275 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  37.74 
 
 
274 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  37.35 
 
 
274 aa  195  9e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  40.47 
 
 
275 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.13 
 
 
275 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  38.98 
 
 
274 aa  193  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  40.31 
 
 
275 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  37.4 
 
 
274 aa  192  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  40.08 
 
 
275 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.74 
 
 
254 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  38.01 
 
 
278 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  34.75 
 
 
276 aa  185  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  35.27 
 
 
274 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  36.29 
 
 
282 aa  181  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  35.32 
 
 
265 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  35.32 
 
 
265 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  32.68 
 
 
275 aa  175  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  34.12 
 
 
276 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  34.65 
 
 
288 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.27 
 
 
280 aa  169  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.27 
 
 
280 aa  169  6e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  31.47 
 
 
349 aa  169  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.27 
 
 
280 aa  168  8e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  33.47 
 
 
265 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  31.6 
 
 
299 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  28.85 
 
 
294 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  31.45 
 
 
268 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3444  periplasmic binding protein  32.4 
 
 
266 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3501  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.4 
 
 
266 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0162  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.4 
 
 
266 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0163  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.4 
 
 
266 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0170  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.4 
 
 
266 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  32.22 
 
 
309 aa  143  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  29.5 
 
 
318 aa  143  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0168  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.4 
 
 
266 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0570  periplasmic binding protein  31.69 
 
 
270 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00157  vitamin B12-transporter protein BtuF  32 
 
 
266 aa  142  6e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00156  hypothetical protein  32 
 
 
266 aa  142  6e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.316454  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5009  periplasmic binding protein  32.65 
 
 
266 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  30 
 
 
264 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0577  periplasmic binding protein  30.36 
 
 
270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  31.6 
 
 
262 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  31.6 
 
 
262 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  31.6 
 
 
266 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  31.6 
 
 
262 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  31.6 
 
 
262 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.15 
 
 
276 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  31.54 
 
 
287 aa  133  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  30.71 
 
 
363 aa  133  3e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0524  periplasmic binding protein  28.86 
 
 
270 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.18 
 
 
275 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.39 
 
 
308 aa  132  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0698  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.42 
 
 
265 aa  132  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  28.52 
 
 
338 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.52 
 
 
338 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  31.78 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  35.02 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  28.15 
 
 
338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  28.41 
 
 
337 aa  126  3e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.1 
 
 
351 aa  127  3e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  29.06 
 
 
328 aa  126  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>