More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbur_1547 on replicon NC_007955
Organism: Methanococcoides burtonii DSM 6242



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  100 
 
 
363 aa  731    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  41.57 
 
 
351 aa  207  3e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  39.11 
 
 
338 aa  189  5e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  39.11 
 
 
338 aa  189  5e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  34.42 
 
 
331 aa  186  4e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  36.76 
 
 
315 aa  186  5e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  38.75 
 
 
338 aa  186  6e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  36.5 
 
 
315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  35.38 
 
 
354 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  36.62 
 
 
307 aa  179  9e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  37.27 
 
 
337 aa  179  1e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  33.87 
 
 
335 aa  177  2e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  35.93 
 
 
300 aa  172  5.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  34.93 
 
 
318 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  32.41 
 
 
321 aa  160  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  34.19 
 
 
318 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  32.74 
 
 
318 aa  159  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  35.16 
 
 
309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  33.45 
 
 
328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
318 aa  155  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  31.67 
 
 
297 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  32.33 
 
 
299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  31.65 
 
 
303 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  33.46 
 
 
296 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  33.81 
 
 
339 aa  150  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  34.78 
 
 
322 aa  149  6e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  31.75 
 
 
341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.07 
 
 
287 aa  147  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  29.52 
 
 
300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  31.67 
 
 
293 aa  145  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  33.58 
 
 
356 aa  140  3e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.47 
 
 
300 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  30.54 
 
 
289 aa  140  3.9999999999999997e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  29.27 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  33.58 
 
 
517 aa  139  7e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  26.92 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  29.11 
 
 
318 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30.85 
 
 
379 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  28.85 
 
 
318 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  29.18 
 
 
293 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.21 
 
 
321 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  30.71 
 
 
284 aa  134  3.9999999999999996e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.36 
 
 
304 aa  133  5e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  28.73 
 
 
311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
296 aa  130  3e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.2 
 
 
304 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  30.69 
 
 
292 aa  130  5.0000000000000004e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.18 
 
 
313 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  27.27 
 
 
300 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  29.63 
 
 
293 aa  127  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26 
 
 
309 aa  126  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  29.9 
 
 
291 aa  125  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
322 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  28.37 
 
 
288 aa  125  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  29.52 
 
 
289 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  31.6 
 
 
293 aa  125  1e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
303 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  25.5 
 
 
299 aa  124  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  28.67 
 
 
300 aa  123  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.59 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  26.59 
 
 
332 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.59 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  29.72 
 
 
312 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.59 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.59 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.59 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  30.96 
 
 
308 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  25.35 
 
 
317 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  26.22 
 
 
310 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  26.42 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3574  periplasmic binding protein  25.87 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0136612 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  30.41 
 
 
377 aa  117  3e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.39 
 
 
339 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  28.68 
 
 
274 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  28.74 
 
 
285 aa  116  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  30.55 
 
 
304 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.79 
 
 
275 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  25.37 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  27.56 
 
 
294 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  27.69 
 
 
288 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  25.74 
 
 
331 aa  113  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  30.91 
 
 
321 aa  113  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  26.12 
 
 
305 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  28.35 
 
 
276 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  28.14 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  28.14 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  28.04 
 
 
333 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.07 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  26.49 
 
 
308 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  27.42 
 
 
299 aa  110  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  25.84 
 
 
278 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  27.13 
 
 
299 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  25.9 
 
 
305 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  25.9 
 
 
305 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0448  periplasmic binding protein  27.9 
 
 
345 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0352349  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  25.9 
 
 
305 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  28.85 
 
 
295 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  25 
 
 
274 aa  109  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3164  periplasmic binding protein  26.39 
 
 
309 aa  108  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  27.5 
 
 
349 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>