More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_3204 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  100 
 
 
333 aa  681    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  36.9 
 
 
316 aa  178  9e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  36.17 
 
 
352 aa  163  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  31.1 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  29.89 
 
 
318 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  29.33 
 
 
318 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
400 aa  122  9e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  26.67 
 
 
335 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  29.19 
 
 
315 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  27.4 
 
 
338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  27.4 
 
 
338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  29.19 
 
 
315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  27.3 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  27.01 
 
 
367 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  25.68 
 
 
377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  27.58 
 
 
379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  27.08 
 
 
338 aa  114  3e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  29.39 
 
 
360 aa  113  4.0000000000000004e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  28.04 
 
 
363 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  26.74 
 
 
337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  27.91 
 
 
341 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  26.43 
 
 
322 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  25.52 
 
 
391 aa  107  4e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  27.72 
 
 
307 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  26.8 
 
 
318 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  24.17 
 
 
406 aa  101  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.2 
 
 
339 aa  100  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.26 
 
 
331 aa  94.7  2e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25.9 
 
 
354 aa  94.4  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  28.97 
 
 
305 aa  95.1  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  26.74 
 
 
311 aa  94  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  24.15 
 
 
297 aa  93.2  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  28.28 
 
 
305 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.42 
 
 
289 aa  90.5  4e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.32 
 
 
351 aa  89.7  6e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  27.48 
 
 
333 aa  89  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  23.99 
 
 
483 aa  87.8  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  24.58 
 
 
277 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  27.51 
 
 
299 aa  87.4  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  28.25 
 
 
296 aa  87  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.34 
 
 
335 aa  86.7  5e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  27.59 
 
 
286 aa  86.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
297 aa  85.9  9e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  27.59 
 
 
286 aa  85.9  9e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  25.3 
 
 
682 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  27.44 
 
 
321 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  24.17 
 
 
277 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  25 
 
 
682 aa  84.3  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  27.59 
 
 
272 aa  84  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  23.86 
 
 
296 aa  83.2  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  27.64 
 
 
281 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.05 
 
 
289 aa  82.4  0.000000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  26.13 
 
 
277 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  26.87 
 
 
279 aa  82  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  30.66 
 
 
312 aa  82  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  27.03 
 
 
385 aa  81.6  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  26.37 
 
 
285 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  28.91 
 
 
404 aa  80.9  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  24.14 
 
 
360 aa  79.7  0.00000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  25.78 
 
 
300 aa  79.7  0.00000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  25.29 
 
 
332 aa  79.7  0.00000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  25.79 
 
 
353 aa  79.3  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  25.11 
 
 
314 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  24.21 
 
 
322 aa  79  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  24.74 
 
 
356 aa  77.8  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0297  periplasmic binding protein  30.23 
 
 
323 aa  77.8  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  27.09 
 
 
290 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  25.51 
 
 
271 aa  77.8  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_27  iron ion ABC transporter, periplasmic component  24.14 
 
 
354 aa  77.8  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0380632  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  24.02 
 
 
362 aa  77.8  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  25.35 
 
 
334 aa  76.3  0.0000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  24.59 
 
 
299 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2743  hypothetical protein  24.91 
 
 
700 aa  76.3  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  28.57 
 
 
279 aa  75.9  0.0000000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  23.48 
 
 
308 aa  75.5  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2551  periplasmic binding protein  23.99 
 
 
361 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.391022  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  25.43 
 
 
328 aa  75.9  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  29.09 
 
 
351 aa  75.1  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  24.4 
 
 
517 aa  74.7  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  26.5 
 
 
279 aa  74.7  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  22.35 
 
 
285 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  25.56 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  26.5 
 
 
279 aa  74.7  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  24.49 
 
 
293 aa  74.3  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  24.69 
 
 
371 aa  74.3  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.71 
 
 
311 aa  73.9  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  24.63 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  27.06 
 
 
291 aa  73.2  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  22.64 
 
 
309 aa  72  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1870  iron(III) dicitrate-binding protein  21.95 
 
 
403 aa  71.2  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.874813  normal  0.198975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  30.97 
 
 
288 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  27.59 
 
 
299 aa  71.6  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1467  periplasmic binding protein  24 
 
 
406 aa  70.9  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  unclonable  0.0000000012515  normal  0.0723513 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  26.63 
 
 
299 aa  70.9  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  27.37 
 
 
312 aa  70.5  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  25.83 
 
 
375 aa  70.1  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  22.88 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  26.13 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  24.73 
 
 
384 aa  70.1  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>