272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3164 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3164  periplasmic binding protein  100 
 
 		 309 aa  587  1e-166  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3093  periplasmic binding protein  52.7 
 
 		 297 aa  278  8e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712568 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2939  periplasmic binding protein  52.92 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0108677  hitchhiker  0.00600632 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  47.75 
 
 		 310 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  50.52 
 
 		 304 aa  266  5e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1084  periplasmic binding protein  48.31 
 
 		 316 aa  259  3e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139725  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0976  periplasmic binding protein  37.37 
 
 		 308 aa  248  9e-65  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0429383 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3494  periplasmic binding protein  43.81 
 
 		 317 aa  242  7e-63  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1852  periplasmic binding protein  43.6 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.416782  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3141  substrate-binding protein of ABC transporter  39.52 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2945  putative iron transport system substrate-binding protein  39.73 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1767  putative periplasmic substrate-binding protein  47.32 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3425  putative iron transport system substrate-binding protein  40.55 
 
 		 310 aa  229  6e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0831  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  41.11 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.3337 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3943  periplasmic binding protein  38.49 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00979003 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1533  hypothetical protein  41.32 
 
 		 350 aa  219  6e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4139  putative periplasmic substrate-binding protein  46.6 
 
 		 318 aa  218  7.999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0990029 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1836  periplasmic binding protein  42.32 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0278  periplasmic binding protein  41.02 
 
 		 296 aa  203  2e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.10405  normal  0.0273457 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0957  periplasmic binding protein  47.92 
 
 		 282 aa  192  5e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00790982  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0233  putative periplasmic substrate-binding protein  43.01 
 
 		 283 aa  186  3e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_35058  predicted protein  29.48 
 
 		 672 aa  135  9.999999999999999e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.9 
 
 		 258 aa  120  3e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  34.35 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35596  ABC(binding protein) family transporter: iron compound  38.73 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.076386 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  26.39 
 
 		 363 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30.45 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  28.77 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  32.76 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  29.51 
 
 		 269 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  31.74 
 
 		 255 aa  95.5  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 351 aa  95.1  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  33.22 
 
 		 288 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.97 
 
 		 315 aa  92.8  7e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  24.49 
 
 		 379 aa  92.4  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.74 
 
 		 337 aa  92.4  9e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  33.22 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.39 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  33.79 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  32.08 
 
 		 270 aa  89.7  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.09 
 
 		 338 aa  88.2  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.09 
 
 		 338 aa  88.2  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25.43 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  32.87 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  34.68 
 
 		 287 aa  88.2  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  26.19 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.5 
 
 		 331 aa  86.7  5e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  25.52 
 
 		 289 aa  85.9  8e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  30.34 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  28.14 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  28.37 
 
 		 263 aa  84  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  29.15 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  29.69 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.53 
 
 		 354 aa  82.4  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2879  periplasmic binding protein  26.42 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  22.34 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.89 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  25.95 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  22.84 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  26.52 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.8 
 
 		 356 aa  75.9  0.0000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  23.45 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.78 
 
 		 517 aa  74.3  0.000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  23.47 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  28.91 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  29.8 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.65 
 
 		 275 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  27.46 
 
 		 288 aa  72  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  25.44 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 274 aa  72  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.09 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  23.74 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  28.81 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  26.8 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  22 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25.58 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  25.27 
 
 		 339 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  23.94 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  21.79 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.03 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  25.52 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  25.89 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  27.05 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  25.26 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 339 aa  67.8  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  25.43 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  25.9 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  27.68 
 
 		 327 aa  66.2  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.81 
 
 		 321 aa  65.9  0.0000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  25.75 
 
 		 483 aa  65.9  0.0000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  20.71 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>