More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0560 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  100 
 
 
339 aa  689    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  47.16 
 
 
318 aa  292  6e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  38.93 
 
 
315 aa  222  6e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  38.05 
 
 
315 aa  218  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  36.55 
 
 
338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  36.55 
 
 
338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  36.27 
 
 
338 aa  179  4e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  33.69 
 
 
335 aa  175  8e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  36.52 
 
 
331 aa  175  9e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  35.92 
 
 
337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  36.43 
 
 
307 aa  172  7.999999999999999e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  29.6 
 
 
318 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  32.61 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  31.03 
 
 
318 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  31.23 
 
 
322 aa  159  5e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  35.76 
 
 
318 aa  159  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  32.2 
 
 
354 aa  158  1e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  32.85 
 
 
328 aa  155  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  32.58 
 
 
296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  31.21 
 
 
322 aa  152  5.9999999999999996e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  33.81 
 
 
363 aa  151  2e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  34.26 
 
 
341 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  30.28 
 
 
351 aa  150  4e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  31.05 
 
 
321 aa  147  3e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  34.06 
 
 
305 aa  142  6e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  34.42 
 
 
305 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  27.11 
 
 
379 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  29.24 
 
 
289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  30.53 
 
 
517 aa  134  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  32.1 
 
 
300 aa  132  6e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.18 
 
 
356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
293 aa  130  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  29.75 
 
 
289 aa  129  7.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  28.9 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  25.36 
 
 
406 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  31.88 
 
 
311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  26.62 
 
 
300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  29.3 
 
 
291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  26.55 
 
 
331 aa  119  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.14 
 
 
309 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  25.82 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  27.51 
 
 
312 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  29.92 
 
 
299 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  29.54 
 
 
352 aa  114  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  24.63 
 
 
287 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  25.09 
 
 
300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29.84 
 
 
293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.6 
 
 
313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  30.15 
 
 
299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  26.92 
 
 
304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  26.09 
 
 
400 aa  109  9.000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  26.32 
 
 
300 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  26.54 
 
 
304 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  24.82 
 
 
299 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  25.27 
 
 
332 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  30.27 
 
 
360 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.27 
 
 
310 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  29.8 
 
 
293 aa  107  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  23.86 
 
 
382 aa  106  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.47 
 
 
304 aa  106  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.27 
 
 
310 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.27 
 
 
310 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  25.27 
 
 
310 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3574  periplasmic binding protein  24.81 
 
 
307 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0136612 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.27 
 
 
310 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  25.44 
 
 
339 aa  105  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
291 aa  105  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.91 
 
 
310 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  25.93 
 
 
314 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  25.36 
 
 
312 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  27.95 
 
 
296 aa  104  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  27.6 
 
 
257 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  27.61 
 
 
288 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  25.47 
 
 
318 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  25.87 
 
 
333 aa  104  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  27.27 
 
 
311 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  28.1 
 
 
288 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  28.29 
 
 
312 aa  103  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  25.61 
 
 
332 aa  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  25.36 
 
 
318 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  26.81 
 
 
391 aa  102  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  25.94 
 
 
303 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.91 
 
 
287 aa  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  28.86 
 
 
338 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  29.13 
 
 
288 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  25.55 
 
 
278 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  25.17 
 
 
304 aa  100  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  25.94 
 
 
305 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  25.94 
 
 
305 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  25.94 
 
 
305 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  26.32 
 
 
303 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  24.2 
 
 
333 aa  100  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  29.46 
 
 
293 aa  99  1e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  25.18 
 
 
377 aa  98.6  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.82 
 
 
311 aa  97.8  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  26.47 
 
 
300 aa  98.2  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  26.88 
 
 
299 aa  97.4  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  25.87 
 
 
274 aa  97.4  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  26.95 
 
 
269 aa  97.1  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>