More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0250 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  100 
 
 
356 aa  725    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  94 
 
 
517 aa  672    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  40.66 
 
 
338 aa  225  7e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  40.73 
 
 
338 aa  224  2e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  40.73 
 
 
338 aa  224  2e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  40.73 
 
 
337 aa  224  2e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  40.79 
 
 
307 aa  197  3e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  37.32 
 
 
354 aa  181  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  39.93 
 
 
351 aa  177  3e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  36.36 
 
 
331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  35.61 
 
 
335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  36.73 
 
 
315 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  36.73 
 
 
315 aa  172  9e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  35.92 
 
 
309 aa  159  9e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  37.08 
 
 
304 aa  147  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  32.49 
 
 
318 aa  147  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  32.73 
 
 
300 aa  146  6e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  34.07 
 
 
321 aa  146  6e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  32.57 
 
 
322 aa  141  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  33.58 
 
 
363 aa  140  3e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  33.97 
 
 
296 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  31.65 
 
 
318 aa  136  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  32.01 
 
 
318 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  35.21 
 
 
300 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  35.16 
 
 
303 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  33.81 
 
 
328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  30.18 
 
 
339 aa  130  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  30.91 
 
 
322 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  32.86 
 
 
293 aa  125  8.000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  30.82 
 
 
300 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  32.29 
 
 
379 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  34.69 
 
 
287 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  29.23 
 
 
483 aa  120  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  29.5 
 
 
318 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  30.31 
 
 
274 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  29.15 
 
 
300 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  29.43 
 
 
300 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  29.35 
 
 
478 aa  117  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.66 
 
 
304 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.45 
 
 
331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.74 
 
 
310 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  29.78 
 
 
311 aa  113  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.37 
 
 
310 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.59 
 
 
275 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  29.37 
 
 
332 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29 
 
 
310 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29 
 
 
310 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29 
 
 
310 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29 
 
 
310 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  28.03 
 
 
297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.78 
 
 
321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  28.1 
 
 
303 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.94 
 
 
287 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  31.07 
 
 
291 aa  109  9.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  31.42 
 
 
310 aa  109  9.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.47 
 
 
313 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
289 aa  108  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  30.11 
 
 
300 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  30.27 
 
 
269 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  32.69 
 
 
308 aa  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
288 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  27.34 
 
 
299 aa  106  6e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  27.72 
 
 
380 aa  105  8e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  27.02 
 
 
359 aa  106  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.21 
 
 
339 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
293 aa  105  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  26.38 
 
 
276 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  30 
 
 
304 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  30.39 
 
 
303 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.43 
 
 
309 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  29.63 
 
 
305 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  27.56 
 
 
275 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  32.58 
 
 
304 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  30.35 
 
 
257 aa  102  8e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  27.56 
 
 
278 aa  102  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  31.58 
 
 
250 aa  102  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  28.79 
 
 
296 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  28.18 
 
 
312 aa  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  29.63 
 
 
317 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  27.14 
 
 
303 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  27.17 
 
 
275 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  27.2 
 
 
275 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  27.17 
 
 
275 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  25.59 
 
 
294 aa  100  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  28.83 
 
 
284 aa  99.8  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3574  periplasmic binding protein  31.44 
 
 
307 aa  99.8  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0136612 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  28.31 
 
 
293 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
305 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
305 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
305 aa  99.4  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.52 
 
 
304 aa  99.4  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  29.69 
 
 
255 aa  99.4  9e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
300 aa  99.4  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  26.4 
 
 
275 aa  99.4  9e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  31.82 
 
 
304 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2945  putative iron transport system substrate-binding protein  28.38 
 
 
308 aa  99  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  30 
 
 
276 aa  99  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>