More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_588 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  100 
 
 
338 aa  681    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  93.18 
 
 
337 aa  599  1e-170  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  89.32 
 
 
338 aa  590  1e-167  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  89.32 
 
 
338 aa  590  1e-167  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  40.5 
 
 
307 aa  240  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  42.03 
 
 
354 aa  227  2e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  40.36 
 
 
331 aa  228  2e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  40.66 
 
 
356 aa  225  7e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  40.65 
 
 
517 aa  225  7e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  39.1 
 
 
341 aa  222  9e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  41.7 
 
 
335 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  42.03 
 
 
351 aa  219  3.9999999999999997e-56  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  34.05 
 
 
300 aa  193  4e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  33.96 
 
 
318 aa  189  4e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  36.51 
 
 
315 aa  189  7e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  36.51 
 
 
315 aa  187  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  38.75 
 
 
363 aa  186  4e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  33.93 
 
 
328 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  36.27 
 
 
339 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  33.95 
 
 
321 aa  177  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  32.92 
 
 
318 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  37.01 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  31.05 
 
 
318 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  36.07 
 
 
289 aa  167  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  33.81 
 
 
300 aa  164  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  35.79 
 
 
287 aa  162  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
304 aa  159  8e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  32.99 
 
 
379 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  31.76 
 
 
322 aa  158  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  31.79 
 
 
318 aa  157  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  33.82 
 
 
296 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  34.75 
 
 
293 aa  149  5e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  35.46 
 
 
289 aa  149  6e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.96 
 
 
300 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  36.3 
 
 
303 aa  145  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  31.82 
 
 
318 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  32.85 
 
 
300 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  35 
 
 
291 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.04 
 
 
275 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.32 
 
 
287 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  30.91 
 
 
331 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  30.57 
 
 
318 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
297 aa  138  1e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  32.08 
 
 
321 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  28.42 
 
 
299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  32.52 
 
 
274 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.78 
 
 
313 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  32.52 
 
 
254 aa  135  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  32.11 
 
 
274 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1518  periplasmic binding protein  34.65 
 
 
315 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  30.63 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  32.11 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
322 aa  134  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  30.98 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  31.25 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
300 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  31.1 
 
 
275 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  31.1 
 
 
275 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.77 
 
 
478 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  31.1 
 
 
275 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  31.1 
 
 
275 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  29.78 
 
 
300 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  29.2 
 
 
311 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  29.62 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  30.08 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  28.41 
 
 
284 aa  127  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  28.89 
 
 
276 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  29.67 
 
 
275 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  30.66 
 
 
332 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
303 aa  126  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.66 
 
 
310 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.66 
 
 
310 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  30.98 
 
 
288 aa  125  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.66 
 
 
310 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.66 
 
 
310 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.66 
 
 
310 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  27.73 
 
 
294 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.18 
 
 
339 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.29 
 
 
310 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
294 aa  123  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  28.85 
 
 
257 aa  122  7e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.31 
 
 
303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  30.64 
 
 
310 aa  119  9e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
312 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  28.46 
 
 
274 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30 
 
 
308 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  28.25 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  29.52 
 
 
308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  29.04 
 
 
304 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.02 
 
 
266 aa  117  3e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  26.83 
 
 
333 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.48 
 
 
304 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  26.28 
 
 
299 aa  116  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  28.06 
 
 
293 aa  116  5e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  28.09 
 
 
305 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  27.68 
 
 
284 aa  115  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  29.15 
 
 
263 aa  115  8.999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  28.32 
 
 
377 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  28.42 
 
 
303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>