More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0606 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  100 
 
 
303 aa  597  1e-169  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  38.77 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  35.79 
 
 
296 aa  168  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  31.65 
 
 
363 aa  160  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  34.78 
 
 
328 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  36.95 
 
 
339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  39.58 
 
 
289 aa  152  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  36.3 
 
 
338 aa  152  8e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  35.69 
 
 
291 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  36.96 
 
 
338 aa  150  3e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  36.96 
 
 
338 aa  150  3e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.46 
 
 
313 aa  149  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  36.73 
 
 
293 aa  149  7e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  30.66 
 
 
318 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  35.94 
 
 
337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.87 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  31.62 
 
 
315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  33.92 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  35.11 
 
 
307 aa  147  3e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  31.99 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  34.91 
 
 
341 aa  144  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  36.3 
 
 
332 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  36.3 
 
 
310 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  37.41 
 
 
287 aa  145  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  34.86 
 
 
300 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  36.3 
 
 
310 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
300 aa  143  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  35.48 
 
 
310 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  35.48 
 
 
310 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  35.48 
 
 
310 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  35.48 
 
 
310 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  31.21 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  37.32 
 
 
317 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  30.77 
 
 
322 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  33.69 
 
 
303 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  35.16 
 
 
356 aa  139  7.999999999999999e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  33 
 
 
331 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  35 
 
 
305 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  35.16 
 
 
517 aa  137  2e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  34.51 
 
 
304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  35.09 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  34.15 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  35.09 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  32.03 
 
 
354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  35.09 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  35.23 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  33.45 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  33.45 
 
 
289 aa  132  6e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  33.56 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  32.39 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  32.67 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  35.4 
 
 
310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  35.04 
 
 
308 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  29.87 
 
 
335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  31.36 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  31.9 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.21 
 
 
287 aa  125  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.62 
 
 
304 aa  126  6e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
318 aa  125  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  29.81 
 
 
274 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  34.36 
 
 
284 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  30 
 
 
293 aa  122  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  33.09 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  34.18 
 
 
289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  29.24 
 
 
296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  32.26 
 
 
323 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  30.66 
 
 
300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  31.77 
 
 
291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  29.18 
 
 
297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  26.04 
 
 
295 aa  119  6e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  27.69 
 
 
305 aa  119  6e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  33.09 
 
 
296 aa  119  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  28.18 
 
 
380 aa  119  7e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
296 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  31.62 
 
 
292 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  32.61 
 
 
312 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  27.69 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  30.88 
 
 
351 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  32.38 
 
 
312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  30.85 
 
 
288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  30.95 
 
 
312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  28.83 
 
 
299 aa  117  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  30.08 
 
 
299 aa  116  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  27.4 
 
 
331 aa  116  5e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  29.77 
 
 
288 aa  115  7.999999999999999e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  31.87 
 
 
311 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  30.63 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  31.41 
 
 
299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  27.47 
 
 
322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  31.1 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  34.96 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  32.73 
 
 
382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  28.42 
 
 
321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  31.4 
 
 
285 aa  113  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  37.22 
 
 
304 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1388  iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.38 
 
 
291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.783574  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  36.54 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  24.91 
 
 
295 aa  110  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>