More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2132 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  100 
 
 
299 aa  603  9.999999999999999e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  49.83 
 
 
312 aa  258  6e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  49.06 
 
 
306 aa  250  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  44.59 
 
 
305 aa  232  6e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  45.29 
 
 
289 aa  227  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  46.89 
 
 
382 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  32.5 
 
 
318 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  31.68 
 
 
318 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  32.49 
 
 
307 aa  146  3e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  31.5 
 
 
315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  30.4 
 
 
315 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  32.48 
 
 
317 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  32.98 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  31.62 
 
 
328 aa  142  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.64 
 
 
309 aa  136  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  29.03 
 
 
318 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  32.99 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  29.79 
 
 
322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  31.47 
 
 
300 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
287 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  28.98 
 
 
331 aa  124  3e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  29.63 
 
 
296 aa  123  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.34 
 
 
339 aa  123  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  31.62 
 
 
312 aa  122  8e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  30.38 
 
 
300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  28.38 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  28.78 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  25.91 
 
 
363 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.32 
 
 
304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  26.89 
 
 
335 aa  119  6e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.79 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.79 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.79 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  31.83 
 
 
284 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.79 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.79 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  32.85 
 
 
303 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  28.79 
 
 
332 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  29.54 
 
 
303 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  28.29 
 
 
305 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.79 
 
 
310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  30.28 
 
 
294 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.9 
 
 
304 aa  115  6e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  28.9 
 
 
296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.41 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  28.71 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  28.31 
 
 
293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  28.93 
 
 
284 aa  114  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  27.04 
 
 
351 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.62 
 
 
289 aa  112  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  29.5 
 
 
338 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  29.5 
 
 
338 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  26.19 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  30.74 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  30.96 
 
 
303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.04 
 
 
275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  30.63 
 
 
318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.52 
 
 
313 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  28.16 
 
 
289 aa  110  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  25.44 
 
 
300 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.82 
 
 
287 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.83 
 
 
309 aa  109  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  29.13 
 
 
270 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  27.94 
 
 
300 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.82 
 
 
339 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  28.79 
 
 
261 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.94 
 
 
321 aa  107  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  30.11 
 
 
299 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  28.06 
 
 
294 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  28.57 
 
 
304 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  28.57 
 
 
338 aa  106  4e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
274 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  29.68 
 
 
288 aa  106  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  28.85 
 
 
284 aa  106  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  27.78 
 
 
300 aa  105  9e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  28.24 
 
 
291 aa  104  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  29.69 
 
 
275 aa  104  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  25.61 
 
 
295 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  29.66 
 
 
269 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  25.61 
 
 
295 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  29.63 
 
 
304 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
274 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
289 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  29.03 
 
 
293 aa  103  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
274 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  30.14 
 
 
291 aa  102  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  29.52 
 
 
305 aa  102  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  31.16 
 
 
296 aa  102  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.7 
 
 
337 aa  102  9e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  28.69 
 
 
299 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  27.59 
 
 
276 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
274 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  27.51 
 
 
317 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
321 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  29.66 
 
 
275 aa  100  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2879  periplasmic binding protein  29.1 
 
 
270 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  30 
 
 
305 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29.03 
 
 
293 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>