More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1499 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  100 
 
 		 382 aa  749    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  64.64 
 
 		 312 aa  348  8e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  60.69 
 
 		 305 aa  333  4e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  54.89 
 
 		 306 aa  290  3e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  50.19 
 
 		 289 aa  259  7e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  46.89 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  32.16 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30.22 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  33.45 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  38.15 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  27.05 
 
 		 318 aa  126  6e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  32.97 
 
 		 307 aa  124  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  27.34 
 
 		 335 aa  122  7e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  31.47 
 
 		 317 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  33.57 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 315 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 315 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30.69 
 
 		 379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  32.58 
 
 		 287 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.26 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  31.5 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  27.86 
 
 		 338 aa  111  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  27.86 
 
 		 338 aa  111  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  29.55 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.79 
 
 		 338 aa  109  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  31.02 
 
 		 291 aa  109  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  26.07 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.27 
 
 		 304 aa  107  5e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  23.86 
 
 		 339 aa  106  6e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  31.93 
 
 		 303 aa  106  8e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.34 
 
 		 310 aa  106  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.34 
 
 		 310 aa  106  9e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.34 
 
 		 310 aa  106  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.34 
 
 		 310 aa  106  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  30.34 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.34 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.34 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.6 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  28.88 
 
 		 354 aa  105  2e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  29.41 
 
 		 299 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.11 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  26.26 
 
 		 331 aa  102  8e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  28.11 
 
 		 341 aa  102  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  24.47 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  28.94 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  27.1 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  29.67 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  33.21 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 318 aa  99.8  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  29.23 
 
 		 356 aa  99  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  31.16 
 
 		 318 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  31.75 
 
 		 312 aa  98.6  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  30.07 
 
 		 300 aa  97.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  27.72 
 
 		 296 aa  96.7  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  32.36 
 
 		 296 aa  96.3  9e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 300 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  28.36 
 
 		 517 aa  95.5  1e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 352 aa  95.5  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 288 aa  95.1  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  25 
 
 		 393 aa  94  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  26.55 
 
 		 363 aa  94  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 300 aa  94  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.84 
 
 		 304 aa  93.6  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  32 
 
 		 296 aa  93.6  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  27.34 
 
 		 300 aa  93.2  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.09 
 
 		 287 aa  92.8  8e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  24.82 
 
 		 318 aa  92.8  9e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  29.74 
 
 		 284 aa  92.4  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  31.87 
 
 		 284 aa  92.4  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  29.82 
 
 		 303 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  31.39 
 
 		 292 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 289 aa  90.1  5e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  26.29 
 
 		 293 aa  90.5  5e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  27.53 
 
 		 331 aa  90.1  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  26.97 
 
 		 321 aa  90.1  6e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  26.82 
 
 		 293 aa  90.1  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  28.62 
 
 		 303 aa  89.7  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  32.48 
 
 		 311 aa  89.7  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  31.27 
 
 		 288 aa  89  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  24.01 
 
 		 296 aa  88.6  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  22.34 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  30.88 
 
 		 278 aa  87.4  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.5 
 
 		 478 aa  87  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0053  periplasmic binding protein  35.21 
 
 		 298 aa  87.4  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  23.79 
 
 		 483 aa  87  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  22.55 
 
 		 322 aa  86.3  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  22.02 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  29.2 
 
 		 291 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  26.87 
 
 		 317 aa  85.9  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  27.95 
 
 		 269 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  31.06 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  29.49 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  26.49 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  30.36 
 
 		 271 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  30.31 
 
 		 269 aa  82  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.02 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  21.66 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>