More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3091 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  100 
 
 
278 aa  550  1e-156  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  81.89 
 
 
270 aa  399  9.999999999999999e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  60.53 
 
 
260 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  49.23 
 
 
263 aa  240  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  45.02 
 
 
250 aa  186  4e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  42.74 
 
 
251 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  41.29 
 
 
250 aa  155  7e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  43.4 
 
 
255 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  41.56 
 
 
251 aa  148  9e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  35.32 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  37.41 
 
 
296 aa  146  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  39.91 
 
 
243 aa  145  6e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  32.95 
 
 
276 aa  145  8.000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  40.34 
 
 
253 aa  143  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  41.63 
 
 
240 aa  142  8e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  40.74 
 
 
241 aa  139  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.29 
 
 
266 aa  137  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  41.8 
 
 
290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  36.14 
 
 
280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  36.11 
 
 
268 aa  132  6e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  38.4 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  40.93 
 
 
243 aa  125  6e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.84 
 
 
263 aa  124  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  34.02 
 
 
308 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  32.37 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  36.09 
 
 
279 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  32.2 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  32.97 
 
 
275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.32 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  34.29 
 
 
321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  28.37 
 
 
318 aa  112  6e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
287 aa  112  6e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.78 
 
 
300 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  35.71 
 
 
270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.89 
 
 
313 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  27.67 
 
 
274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  27.67 
 
 
274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  28.93 
 
 
341 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  32.05 
 
 
281 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  31.66 
 
 
281 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  32.16 
 
 
272 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.81 
 
 
315 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  32.74 
 
 
280 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.94 
 
 
300 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  25.83 
 
 
300 aa  107  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  36.97 
 
 
317 aa  105  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  28.91 
 
 
278 aa  105  9e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  30.08 
 
 
318 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  26.88 
 
 
274 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  31.27 
 
 
309 aa  104  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.41 
 
 
275 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.44 
 
 
315 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  27.17 
 
 
294 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  30.99 
 
 
281 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.06 
 
 
287 aa  102  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.02 
 
 
310 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.02 
 
 
310 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.02 
 
 
310 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.02 
 
 
310 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.02 
 
 
310 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.57 
 
 
339 aa  102  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  32.55 
 
 
300 aa  102  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  29.02 
 
 
332 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.95 
 
 
272 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.02 
 
 
310 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.55 
 
 
339 aa  101  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  35.44 
 
 
321 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  28.11 
 
 
275 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.77 
 
 
254 aa  99.8  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.12 
 
 
331 aa  99.4  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  29.27 
 
 
318 aa  99.4  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  29.8 
 
 
288 aa  99  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  30.33 
 
 
300 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  29.13 
 
 
285 aa  98.6  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.22 
 
 
338 aa  98.6  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  31.73 
 
 
300 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  28.34 
 
 
274 aa  97.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  28.14 
 
 
284 aa  97.4  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  26.07 
 
 
276 aa  97.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  29.08 
 
 
379 aa  96.7  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  32.53 
 
 
282 aa  97.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  27.38 
 
 
274 aa  96.3  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  31.79 
 
 
303 aa  95.9  6e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  27.78 
 
 
275 aa  95.5  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
300 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  26.3 
 
 
275 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
318 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  32.21 
 
 
303 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  29.58 
 
 
328 aa  93.6  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  24.52 
 
 
294 aa  93.2  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  27.38 
 
 
275 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  27.38 
 
 
275 aa  92.8  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  25.67 
 
 
303 aa  92.4  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  26.48 
 
 
275 aa  92.8  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  27.37 
 
 
289 aa  92.4  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.79 
 
 
304 aa  91.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
305 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.45 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.04 
 
 
289 aa  90.9  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>