More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0798 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  100 
 
 
306 aa  614  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  56.02 
 
 
312 aa  290  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  54.89 
 
 
382 aa  290  2e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  50.53 
 
 
305 aa  279  5e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  49.06 
 
 
299 aa  250  2e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  45.66 
 
 
289 aa  246  4e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
315 aa  142  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  28.23 
 
 
315 aa  142  8e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  33.71 
 
 
310 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.71 
 
 
310 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.71 
 
 
310 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.71 
 
 
310 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.71 
 
 
310 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  33.71 
 
 
332 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  35.02 
 
 
284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  33.96 
 
 
300 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  33.33 
 
 
310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  32.71 
 
 
339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  32.71 
 
 
300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  33.45 
 
 
307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  31.2 
 
 
300 aa  123  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  33.21 
 
 
303 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  32.26 
 
 
289 aa  122  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  26.85 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
379 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  30.5 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  34.46 
 
 
300 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  27.85 
 
 
328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  30.11 
 
 
300 aa  115  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  30.94 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  31.7 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  30 
 
 
317 aa  113  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.42 
 
 
287 aa  112  9e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.86 
 
 
313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  31.32 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  27.01 
 
 
331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.34 
 
 
309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  27.62 
 
 
322 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  34.83 
 
 
303 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  30.83 
 
 
317 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  28.73 
 
 
311 aa  105  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  27.74 
 
 
354 aa  104  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  29.81 
 
 
305 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  29.81 
 
 
305 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  28.82 
 
 
313 aa  102  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  29.81 
 
 
305 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  31.03 
 
 
305 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  32.22 
 
 
284 aa  101  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.3 
 
 
351 aa  101  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  24.91 
 
 
335 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  28 
 
 
318 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.79 
 
 
341 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  28.68 
 
 
300 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.08 
 
 
304 aa  100  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.37 
 
 
318 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.6 
 
 
275 aa  99.8  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.55 
 
 
331 aa  99.4  6e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  30.71 
 
 
312 aa  97.8  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  31.48 
 
 
297 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  29.03 
 
 
264 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  31.65 
 
 
311 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.15 
 
 
296 aa  96.3  7e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  27.51 
 
 
287 aa  94.7  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.36 
 
 
309 aa  94.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  32.69 
 
 
321 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  29.81 
 
 
308 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  29.48 
 
 
282 aa  90.5  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
289 aa  90.1  4e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  29.81 
 
 
310 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  24.46 
 
 
338 aa  90.1  5e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  24.46 
 
 
338 aa  90.1  5e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  23.79 
 
 
338 aa  89.7  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  23.55 
 
 
337 aa  89.4  8e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  30.29 
 
 
289 aa  89.4  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  24 
 
 
311 aa  89  9e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  23.43 
 
 
339 aa  89  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  25.49 
 
 
295 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.77 
 
 
304 aa  88.2  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  29.45 
 
 
296 aa  88.6  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.11 
 
 
356 aa  87.8  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  24.21 
 
 
363 aa  88.2  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  29.45 
 
 
296 aa  87.8  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
299 aa  87.4  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.74 
 
 
517 aa  87  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  24.06 
 
 
295 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  24.06 
 
 
295 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  29.24 
 
 
292 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  24.37 
 
 
296 aa  84.7  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2101  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
343 aa  84.3  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  26.37 
 
 
291 aa  84  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  29 
 
 
303 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  27.67 
 
 
257 aa  84  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  26.44 
 
 
304 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  24.72 
 
 
322 aa  83.2  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  28.9 
 
 
304 aa  83.2  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  28.26 
 
 
291 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  26.38 
 
 
269 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.46 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  27.4 
 
 
299 aa  82  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>