More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8855 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  100 
 
 		 326 aa  654    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  53.56 
 
 		 321 aa  305  7e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  54.03 
 
 		 312 aa  297  2e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  51.43 
 
 		 312 aa  292  5e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  54.95 
 
 		 404 aa  290  3e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  49.16 
 
 		 316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  43.88 
 
 		 308 aa  241  2e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  42.95 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  44.6 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  41.57 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  35.79 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  33.65 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  31.15 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.45 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  32.86 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  35.74 
 
 		 289 aa  122  9e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  30.52 
 
 		 379 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.7 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  32.49 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  34.65 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  32.21 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  29.87 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  30.26 
 
 		 315 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  31.6 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  28.37 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  32.61 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  28.89 
 
 		 274 aa  103  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  30.65 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  29.32 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  32.85 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.32 
 
 		 254 aa  99.8  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.46 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  30.42 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 275 aa  99  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  28.95 
 
 		 274 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  31.35 
 
 		 303 aa  97.4  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  29.7 
 
 		 294 aa  95.9  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  25.24 
 
 		 305 aa  96.3  7e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 293 aa  95.9  8e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  30.85 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.89 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  30.12 
 
 		 288 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  29.89 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  25.7 
 
 		 305 aa  94.4  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  28.78 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  29.37 
 
 		 278 aa  94  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  28.06 
 
 		 288 aa  93.6  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  26.25 
 
 		 312 aa  91.7  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 275 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 406 aa  90.1  4e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  28.21 
 
 		 363 aa  90.1  4e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 275 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 275 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 275 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  25.7 
 
 		 295 aa  89.4  9e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  28.2 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  27.66 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  28.46 
 
 		 275 aa  87.4  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 295 aa  87.8  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 295 aa  87.8  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 391 aa  86.7  5e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 274 aa  86.7  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  33.33 
 
 		 279 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  28.24 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  27.36 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  27.36 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 276 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  26.57 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  30.77 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  27.34 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.77 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  27.2 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  26.62 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  30 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.82 
 
 		 287 aa  82  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  25 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.02 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  27.12 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.74 
 
 		 276 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  27.08 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.79 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.54 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.6 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  26.44 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  28.32 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  22.82 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.09 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  24.53 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  25.35 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  27.05 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  25.46 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>