More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0137 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  100 
 
 		 263 aa  523  1e-147  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2011  periplasmic binding protein  69.11 
 
 		 269 aa  337  9e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0162028  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  57.98 
 
 		 274 aa  291  9e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0904  putative substrate-binding protein  58.4 
 
 		 269 aa  291  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.543465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  57.48 
 
 		 269 aa  289  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  57.6 
 
 		 264 aa  287  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  54.44 
 
 		 271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  57.2 
 
 		 258 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2895  periplasmic binding protein  56.4 
 
 		 264 aa  277  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2668  periplasmic binding protein  56.4 
 
 		 264 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  53.08 
 
 		 292 aa  271  6e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  54.41 
 
 		 303 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2790  periplasmic binding protein  54.76 
 
 		 259 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.578873 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  51.18 
 
 		 283 aa  259  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  50.38 
 
 		 288 aa  248  7e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  49.62 
 
 		 288 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  48.85 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.6 
 
 		 307 aa  116  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.89 
 
 		 309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  32.95 
 
 		 478 aa  110  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  29.6 
 
 		 341 aa  108  9.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  28.68 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  30.38 
 
 		 337 aa  106  3e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  30.27 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  31.87 
 
 		 287 aa  105  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  29.23 
 
 		 261 aa  104  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 321 aa  104  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  31.01 
 
 		 293 aa  104  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  29.66 
 
 		 338 aa  103  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  29.66 
 
 		 338 aa  103  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  31.27 
 
 		 300 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  29.66 
 
 		 270 aa  103  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.55 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  30.65 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  29.2 
 
 		 351 aa  99  6e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  29.17 
 
 		 270 aa  99  8e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.92 
 
 		 318 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  28.92 
 
 		 269 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.37 
 
 		 313 aa  97.4  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  28.95 
 
 		 354 aa  97.4  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.21 
 
 		 339 aa  96.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 293 aa  96.3  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 300 aa  95.9  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  26.92 
 
 		 328 aa  95.5  8e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  30.58 
 
 		 305 aa  95.5  8e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  27.21 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  29.1 
 
 		 332 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.1 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  31.4 
 
 		 321 aa  94.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 294 aa  94.7  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  27.06 
 
 		 331 aa  94.4  2e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.1 
 
 		 310 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 310 aa  94  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 318 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.1 
 
 		 310 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  30.53 
 
 		 483 aa  94  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.1 
 
 		 310 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.1 
 
 		 310 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 318 aa  93.6  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  29.62 
 
 		 299 aa  93.6  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.78 
 
 		 303 aa  93.2  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.73 
 
 		 310 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.44 
 
 		 304 aa  92.8  5e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  29.05 
 
 		 305 aa  92.8  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 303 aa  92.4  6e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 289 aa  92.4  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  30.52 
 
 		 296 aa  92.4  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 274 aa  92  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  30.04 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  26.16 
 
 		 289 aa  92  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  29.8 
 
 		 318 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  30.27 
 
 		 317 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  25.95 
 
 		 278 aa  90.5  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.56 
 
 		 315 aa  89.4  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 303 aa  89.4  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  24.23 
 
 		 274 aa  89  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  26.72 
 
 		 363 aa  88.6  9e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  27.87 
 
 		 311 aa  88.2  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.91 
 
 		 254 aa  87.4  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.07 
 
 		 287 aa  87.8  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  29.21 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  26.22 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  25.75 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  31.35 
 
 		 356 aa  87  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  31.35 
 
 		 517 aa  86.7  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.24 
 
 		 322 aa  87  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  24.19 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  29.41 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.66 
 
 		 275 aa  87  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  27.56 
 
 		 305 aa  86.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  28.26 
 
 		 379 aa  86.7  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  26.39 
 
 		 304 aa  85.9  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 305 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 305 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 305 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3164  periplasmic binding protein  28.37 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>