More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2790 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_2790  periplasmic binding protein  100 
 
 		 259 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.578873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2668  periplasmic binding protein  93.02 
 
 		 264 aa  454  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2895  periplasmic binding protein  91.86 
 
 		 264 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  83.66 
 
 		 258 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  79.77 
 
 		 264 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  78.68 
 
 		 274 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  57.14 
 
 		 269 aa  275  7e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0904  putative substrate-binding protein  57.36 
 
 		 269 aa  271  7e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.543465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  54.76 
 
 		 263 aa  270  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  53.54 
 
 		 271 aa  269  4e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  54.58 
 
 		 292 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  53.23 
 
 		 283 aa  263  3e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  52.82 
 
 		 303 aa  259  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2011  periplasmic binding protein  54.4 
 
 		 269 aa  257  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0162028  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  53.01 
 
 		 288 aa  247  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  52.61 
 
 		 288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  54.22 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.08 
 
 		 318 aa  115  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  32.24 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  32.24 
 
 		 332 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.24 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.24 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.24 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.24 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  32.11 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.23 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  31.84 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  29.27 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  29.57 
 
 		 274 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  32.24 
 
 		 339 aa  102  8e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  32.05 
 
 		 483 aa  100  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 299 aa  99.4  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  32.42 
 
 		 478 aa  99  7e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.13 
 
 		 275 aa  99  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.96 
 
 		 254 aa  98.2  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 294 aa  96.3  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  28.81 
 
 		 309 aa  95.5  8e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  29.39 
 
 		 300 aa  95.5  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  29.53 
 
 		 300 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.25 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  29.22 
 
 		 328 aa  94  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  27.73 
 
 		 315 aa  93.6  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.19 
 
 		 322 aa  93.2  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.89 
 
 		 315 aa  92.8  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  34.17 
 
 		 250 aa  92.4  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  28.86 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  29.89 
 
 		 270 aa  91.3  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  26.72 
 
 		 276 aa  90.5  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  29.37 
 
 		 293 aa  90.5  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 305 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  28.86 
 
 		 275 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  30.24 
 
 		 351 aa  90.1  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.54 
 
 		 341 aa  89.7  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 278 aa  89  6e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 300 aa  89  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  26.86 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 379 aa  88.6  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 275 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 275 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  26.1 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 275 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 318 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 285 aa  86.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 318 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.46 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 337 aa  86.3  4e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  26.12 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.29 
 
 		 331 aa  86.3  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  25.66 
 
 		 295 aa  85.5  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 269 aa  85.5  7e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  26.56 
 
 		 288 aa  85.5  7e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  25.66 
 
 		 295 aa  85.5  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.7 
 
 		 318 aa  85.1  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.4 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.4 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  27.52 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.07 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  25.1 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  26.1 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  30 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  25.7 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  24.39 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.8 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  28.41 
 
 		 402 aa  79.3  0.00000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 270 aa  79  0.00000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  23.11 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  26.91 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  30.08 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.36 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  27.69 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  28.98 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>