More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2895 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2895  periplasmic binding protein  100 
 
 		 264 aa  526  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2668  periplasmic binding protein  97.35 
 
 		 264 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2790  periplasmic binding protein  91.86 
 
 		 259 aa  447  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.578873 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  83.66 
 
 		 258 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  79.38 
 
 		 264 aa  401  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  77.13 
 
 		 274 aa  391  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  56.8 
 
 		 263 aa  285  5e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  58.1 
 
 		 269 aa  283  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  54.12 
 
 		 271 aa  281  9e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0904  putative substrate-binding protein  57.53 
 
 		 269 aa  275  8e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.543465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  53.96 
 
 		 292 aa  268  7e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2011  periplasmic binding protein  56 
 
 		 269 aa  263  3e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0162028  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  52.61 
 
 		 283 aa  262  4.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  52.02 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  53.2 
 
 		 288 aa  246  2e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  52.8 
 
 		 288 aa  242  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  52.59 
 
 		 288 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 318 aa  122  5e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  35.02 
 
 		 307 aa  116  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 274 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.74 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  29.57 
 
 		 274 aa  106  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  32.94 
 
 		 478 aa  103  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  31.97 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  32.06 
 
 		 483 aa  101  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  29.69 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  30.65 
 
 		 322 aa  99  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  30.35 
 
 		 275 aa  99  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  30.61 
 
 		 332 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  29.76 
 
 		 293 aa  97.8  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 309 aa  98.2  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.61 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  29.28 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.61 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.61 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.61 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.61 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  29.57 
 
 		 275 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  29.57 
 
 		 275 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  33.83 
 
 		 351 aa  96.7  4e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  29.27 
 
 		 275 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 294 aa  96.3  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.2 
 
 		 310 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  31.02 
 
 		 339 aa  95.9  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  28.35 
 
 		 275 aa  95.9  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25.51 
 
 		 318 aa  94  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 318 aa  93.2  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.54 
 
 		 341 aa  92.4  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.5 
 
 		 315 aa  92.4  7e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  26.02 
 
 		 338 aa  91.7  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  26.02 
 
 		 338 aa  91.7  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  27.92 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.61 
 
 		 337 aa  90.9  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 300 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  26.74 
 
 		 276 aa  90.5  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 295 aa  89.7  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 295 aa  89.7  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  28.84 
 
 		 305 aa  89.7  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.52 
 
 		 304 aa  89.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.78 
 
 		 313 aa  89  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  29.89 
 
 		 270 aa  89  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 289 aa  89  8e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 250 aa  88.6  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  27.98 
 
 		 300 aa  86.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  26.94 
 
 		 300 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  24.8 
 
 		 338 aa  86.3  5e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  27.46 
 
 		 312 aa  86.3  5e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.11 
 
 		 296 aa  86.3  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  28.98 
 
 		 255 aa  85.9  6e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.02 
 
 		 304 aa  85.5  7e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 285 aa  85.5  7e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  29.48 
 
 		 354 aa  85.5  7e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  29.39 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  27.53 
 
 		 278 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 288 aa  84  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  23.29 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  31.82 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  27.94 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  27.46 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  26.02 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  28.63 
 
 		 517 aa  82.8  0.000000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.4 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.07 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  26.94 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  28.98 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  25.31 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  30.28 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  24.1 
 
 		 274 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>