More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0904 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0904  putative substrate-binding protein  100 
 
 		 269 aa  534  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.543465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  61.63 
 
 		 303 aa  328  7e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  61.3 
 
 		 283 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  61.63 
 
 		 292 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  60.38 
 
 		 269 aa  318  7.999999999999999e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2011  periplasmic binding protein  66.29 
 
 		 269 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0162028  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  56.2 
 
 		 271 aa  298  8e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  58.4 
 
 		 263 aa  296  3e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  59.92 
 
 		 264 aa  292  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2895  periplasmic binding protein  57.36 
 
 		 264 aa  278  7e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  56.86 
 
 		 258 aa  278  9e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  58.89 
 
 		 274 aa  277  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2668  periplasmic binding protein  56.59 
 
 		 264 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  56.08 
 
 		 288 aa  270  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  56.08 
 
 		 288 aa  268  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2790  periplasmic binding protein  56.06 
 
 		 259 aa  266  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.578873 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  57.25 
 
 		 288 aa  264  8.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  28.68 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 351 aa  101  1e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  30.43 
 
 		 321 aa  98.6  9e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 296 aa  98.6  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  27.73 
 
 		 293 aa  96.7  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 318 aa  95.9  7e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  30.71 
 
 		 255 aa  95.1  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 318 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  29.46 
 
 		 287 aa  92.8  6e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25 
 
 		 331 aa  90.5  3e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  27.69 
 
 		 293 aa  89.7  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 341 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.31 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 379 aa  88.2  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  23.35 
 
 		 363 aa  87.8  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 312 aa  86.3  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  29.66 
 
 		 269 aa  86.3  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.11 
 
 		 315 aa  85.5  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  29.8 
 
 		 300 aa  85.5  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.69 
 
 		 478 aa  85.5  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  25.41 
 
 		 359 aa  85.5  9e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  30.2 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  24.23 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.11 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  23.95 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  22.93 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  21.63 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.67 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  25.57 
 
 		 338 aa  83.2  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  23.14 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.2 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  23.26 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  30.61 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  21.63 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  21.63 
 
 		 274 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  25.71 
 
 		 328 aa  82  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  29.66 
 
 		 303 aa  82  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  22.31 
 
 		 315 aa  82  0.000000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  25.87 
 
 		 270 aa  81.6  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  36.96 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  27.1 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  23.93 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  23.85 
 
 		 275 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.55 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  26.34 
 
 		 261 aa  79.3  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  23.17 
 
 		 275 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.57 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.57 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.64 
 
 		 483 aa  79  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  23.92 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  23.92 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.57 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.57 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.4 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  28.8 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.57 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.02 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.57 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  22.62 
 
 		 275 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  22.62 
 
 		 275 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  20.54 
 
 		 276 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  23.5 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  22.62 
 
 		 275 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.41 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.12 
 
 		 517 aa  76.6  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  27.87 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  33.78 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  30.99 
 
 		 354 aa  75.9  0.0000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  24.4 
 
 		 338 aa  76.3  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.27 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  30.29 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  24.62 
 
 		 295 aa  75.5  0.0000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 305 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  25.3 
 
 		 274 aa  75.5  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  27.99 
 
 		 305 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>