More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2366 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  100 
 
 		 283 aa  580  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  80.14 
 
 		 303 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  70.28 
 
 		 292 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  64.89 
 
 		 269 aa  354  1e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0904  putative substrate-binding protein  61.3 
 
 		 269 aa  323  3e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.543465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  53.28 
 
 		 271 aa  296  4e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  54.94 
 
 		 264 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  52.59 
 
 		 288 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  52.59 
 
 		 288 aa  275  7e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2011  periplasmic binding protein  53.61 
 
 		 269 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0162028  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  53.33 
 
 		 288 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  52.36 
 
 		 274 aa  266  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  51.38 
 
 		 258 aa  260  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  51.18 
 
 		 263 aa  259  3e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2895  periplasmic binding protein  51.61 
 
 		 264 aa  256  4e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2668  periplasmic binding protein  51.61 
 
 		 264 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2790  periplasmic binding protein  53.23 
 
 		 259 aa  253  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.578873 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  29.77 
 
 		 270 aa  107  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  28.23 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  28.79 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  28.68 
 
 		 307 aa  99  9e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.61 
 
 		 315 aa  95.5  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 309 aa  92.4  8e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.83 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  31 
 
 		 483 aa  89.7  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 341 aa  89.4  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  25.78 
 
 		 270 aa  89.4  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  28.24 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 318 aa  87  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25.77 
 
 		 318 aa  86.7  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  25.1 
 
 		 328 aa  85.9  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  22.93 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  23.51 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  23.51 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  26.72 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  24.33 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.78 
 
 		 478 aa  82.8  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  25.2 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.19 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  25.1 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25.36 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 313 aa  80.5  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  22.85 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.41 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  26.83 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.2 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  31.49 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  22.39 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.12 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  25.39 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1852  periplasmic binding protein  24.09 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.416782  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  22.99 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  22.09 
 
 		 339 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  21.14 
 
 		 274 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  22.68 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1518  periplasmic binding protein  24.6 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.6 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  22.44 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  25.2 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  21.14 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  25.27 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.27 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  23.75 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2939  periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0108677  hitchhiker  0.00600632 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  26.54 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  21.05 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  24.27 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3164  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  25.85 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  22.83 
 
 		 275 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  25.95 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.47 
 
 		 517 aa  71.6  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  23.85 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  21.86 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  20.73 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  31.18 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  27.71 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  22.79 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.1 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  25.2 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3093  periplasmic binding protein  23.97 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712568 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  27.49 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35596  ABC(binding protein) family transporter: iron compound  27.06 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.076386 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  25.26 
 
 		 310 aa  68.9  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  26.56 
 
 		 303 aa  68.9  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  21.8 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  28.73 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  25.9 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  25.83 
 
 		 379 aa  68.6  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>