290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2623 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  100 
 
 		 292 aa  595  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  72.66 
 
 		 303 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  70.28 
 
 		 283 aa  412  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  66.41 
 
 		 269 aa  360  2e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0904  putative substrate-binding protein  61.63 
 
 		 269 aa  318  7e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.543465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  56.2 
 
 		 271 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  54.96 
 
 		 288 aa  280  1e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  54.96 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2011  periplasmic binding protein  57.75 
 
 		 269 aa  280  3e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0162028  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  56.68 
 
 		 264 aa  277  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  55.56 
 
 		 274 aa  272  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  53.08 
 
 		 263 aa  271  7e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  55.34 
 
 		 288 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2895  periplasmic binding protein  53.61 
 
 		 264 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2668  periplasmic binding protein  53.23 
 
 		 264 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  53.78 
 
 		 258 aa  260  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2790  periplasmic binding protein  54.58 
 
 		 259 aa  256  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.578873 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.97 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  26.36 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  30.42 
 
 		 270 aa  104  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  27 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  31.87 
 
 		 261 aa  101  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 318 aa  99  9e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  27.69 
 
 		 341 aa  97.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  26.4 
 
 		 270 aa  95.9  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.23 
 
 		 318 aa  93.2  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.34 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.11 
 
 		 483 aa  85.5  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  26.63 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.64 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.8 
 
 		 351 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  25.19 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  24.91 
 
 		 478 aa  83.2  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 328 aa  82.4  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 293 aa  82  0.000000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  25.29 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27 
 
 		 356 aa  81.6  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  27.2 
 
 		 269 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.62 
 
 		 517 aa  81.3  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  24.14 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  23.57 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  25.39 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.68 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.9 
 
 		 304 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  26.62 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  26.83 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  24.15 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  26.16 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  27.64 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  26.27 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  26.48 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  22.99 
 
 		 331 aa  75.1  0.000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  22.42 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.24 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  22.06 
 
 		 363 aa  73.9  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  25.9 
 
 		 382 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  24.34 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2879  periplasmic binding protein  21.95 
 
 		 270 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  25 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  25.77 
 
 		 339 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  22.22 
 
 		 322 aa  72.4  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.15 
 
 		 338 aa  72  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.15 
 
 		 338 aa  72  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.57 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  22.76 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  23.85 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  23.83 
 
 		 359 aa  72  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  26.02 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.54 
 
 		 266 aa  70.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  26.94 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  25.95 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.38 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  26.32 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  21.32 
 
 		 339 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.95 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.48 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.35 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  24.69 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  25.38 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.38 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1852  periplasmic binding protein  24.29 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.416782  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  25.5 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.38 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.38 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  22.49 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  23.21 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25 
 
 		 313 aa  68.9  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  23.11 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  24.3 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>