296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1852 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1852  periplasmic binding protein  100 
 
 
309 aa  633  1e-180  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.416782  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2945  putative iron transport system substrate-binding protein  52.1 
 
 
308 aa  336  2.9999999999999997e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3943  periplasmic binding protein  50 
 
 
309 aa  333  2e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979003 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0831  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  52.84 
 
 
309 aa  322  4e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.3337 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3141  substrate-binding protein of ABC transporter  48.17 
 
 
308 aa  308  5e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3425  putative iron transport system substrate-binding protein  47.51 
 
 
310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  41.91 
 
 
304 aa  255  6e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1084  periplasmic binding protein  42.76 
 
 
316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139725  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  42.41 
 
 
310 aa  247  2e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3164  periplasmic binding protein  43.6 
 
 
309 aa  239  4e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3093  periplasmic binding protein  42.61 
 
 
297 aa  239  5.999999999999999e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.712568 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2939  periplasmic binding protein  42.96 
 
 
297 aa  235  8e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0108677  hitchhiker  0.00600632 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3494  periplasmic binding protein  40.82 
 
 
317 aa  224  2e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0278  periplasmic binding protein  41.03 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.10405  normal  0.0273457 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1767  putative periplasmic substrate-binding protein  41.03 
 
 
296 aa  218  7.999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1533  hypothetical protein  37.3 
 
 
350 aa  216  4e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4139  putative periplasmic substrate-binding protein  42.37 
 
 
318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0990029 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0976  periplasmic binding protein  33.9 
 
 
308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0429383 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1836  periplasmic binding protein  35.84 
 
 
297 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0233  putative periplasmic substrate-binding protein  36.24 
 
 
283 aa  140  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0957  periplasmic binding protein  32.4 
 
 
282 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00790982  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.96 
 
 
351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.89 
 
 
338 aa  110  3e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_35058  predicted protein  29.94 
 
 
672 aa  109  8.000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  26.4 
 
 
335 aa  108  8.000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  27.06 
 
 
338 aa  105  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  27.06 
 
 
338 aa  105  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  26.82 
 
 
337 aa  104  2e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  28.43 
 
 
309 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35596  ABC(binding protein) family transporter: iron compound  31.03 
 
 
207 aa  102  8e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.076386 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  27.42 
 
 
307 aa  102  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.26 
 
 
341 aa  100  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
354 aa  98.6  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  24.92 
 
 
331 aa  97.8  2e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.61 
 
 
258 aa  97.1  3e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  27.09 
 
 
328 aa  95.1  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  26.71 
 
 
269 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  27.52 
 
 
296 aa  94.7  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  28.72 
 
 
255 aa  93.2  5e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
261 aa  92.8  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  28.12 
 
 
270 aa  90.9  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.37 
 
 
318 aa  89.7  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  27.76 
 
 
517 aa  90.1  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.28 
 
 
315 aa  88.6  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  23.68 
 
 
318 aa  89  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  26.21 
 
 
312 aa  88.6  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.09 
 
 
356 aa  87.4  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  26.44 
 
 
270 aa  87.4  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  22.85 
 
 
315 aa  86.7  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.99 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  26.6 
 
 
269 aa  82.4  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.35 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  26.17 
 
 
293 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.18 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  24.67 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  25.59 
 
 
299 aa  80.1  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  28.72 
 
 
287 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  22.95 
 
 
318 aa  79  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  21.93 
 
 
339 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  26.94 
 
 
318 aa  77.4  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  25.17 
 
 
363 aa  77  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  24.09 
 
 
283 aa  77  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2879  periplasmic binding protein  22.26 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  23.76 
 
 
304 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  23.47 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  23.18 
 
 
289 aa  73.6  0.000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  21.67 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  22.61 
 
 
300 aa  72.8  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  22.33 
 
 
379 aa  72.8  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  24.83 
 
 
293 aa  72.8  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  24.83 
 
 
332 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.83 
 
 
310 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  24.48 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  22.89 
 
 
300 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  20.93 
 
 
322 aa  71.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.48 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.48 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.48 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  23 
 
 
299 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  24.83 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  21.52 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  24.41 
 
 
318 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  23.96 
 
 
304 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.34 
 
 
304 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  24.29 
 
 
292 aa  69.7  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  24.08 
 
 
300 aa  69.7  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  24.41 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  22.49 
 
 
294 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.31 
 
 
313 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  22.76 
 
 
312 aa  68.6  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  24.2 
 
 
276 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  23.43 
 
 
339 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.08 
 
 
287 aa  67  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  24.82 
 
 
288 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  23.61 
 
 
305 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  23.61 
 
 
305 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  23.61 
 
 
305 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  24.92 
 
 
682 aa  66.6  0.0000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  26.44 
 
 
313 aa  66.2  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  22.7 
 
 
305 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>