More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1720 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  100 
 
 		 257 aa  523  1e-147  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30.59 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  34.25 
 
 		 296 aa  128  7.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  32.28 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  28.63 
 
 		 338 aa  124  1e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.63 
 
 		 338 aa  124  1e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  32.16 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  28.85 
 
 		 338 aa  122  6e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  29.8 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  32.57 
 
 		 354 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 337 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  29.57 
 
 		 351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  32.8 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  29.07 
 
 		 331 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  27.34 
 
 		 335 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.65 
 
 		 287 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.71 
 
 		 275 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  28.14 
 
 		 318 aa  104  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  27.6 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.35 
 
 		 356 aa  102  5e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 294 aa  102  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  32.02 
 
 		 328 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  28.34 
 
 		 322 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  29.53 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  29.02 
 
 		 517 aa  99.8  4e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  28.34 
 
 		 288 aa  99.4  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.07 
 
 		 304 aa  99  7e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 299 aa  97.8  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  31.8 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 318 aa  97.1  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  26.38 
 
 		 318 aa  97.8  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 299 aa  96.7  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  27.38 
 
 		 274 aa  95.5  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 315 aa  95.5  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.69 
 
 		 339 aa  95.1  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  24.11 
 
 		 321 aa  95.1  9e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  25 
 
 		 300 aa  95.1  9e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  26.4 
 
 		 274 aa  95.1  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 297 aa  94.4  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 318 aa  94.4  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.96 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  27.02 
 
 		 276 aa  94  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 318 aa  93.2  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  26.91 
 
 		 278 aa  92.8  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.1 
 
 		 308 aa  92  9e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.52 
 
 		 310 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.52 
 
 		 310 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.52 
 
 		 310 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.52 
 
 		 310 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.52 
 
 		 310 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  28.52 
 
 		 332 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  25.48 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  25.1 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 264 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.52 
 
 		 310 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 299 aa  90.1  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 300 aa  89.7  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  31.62 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.96 
 
 		 313 aa  89.4  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 318 aa  89.4  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  28.35 
 
 		 282 aa  89.4  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  26.98 
 
 		 276 aa  89  7e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  25.4 
 
 		 274 aa  88.6  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  25.3 
 
 		 363 aa  88.6  9e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  29.64 
 
 		 313 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  25.39 
 
 		 300 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  27.65 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  27.03 
 
 		 269 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0524  periplasmic binding protein  30.24 
 
 		 270 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.52 
 
 		 287 aa  86.3  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 293 aa  86.3  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  25.7 
 
 		 265 aa  86.3  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  24.6 
 
 		 274 aa  86.3  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.1 
 
 		 254 aa  85.9  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  26.07 
 
 		 275 aa  85.5  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  31.23 
 
 		 312 aa  85.5  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29.37 
 
 		 293 aa  85.1  9e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  25.71 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  25.3 
 
 		 275 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  27.38 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  25.3 
 
 		 275 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  28.08 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  26.15 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  30.62 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  29.48 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  25.3 
 
 		 275 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  24.6 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.46 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  26.44 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  25.39 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.02 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  27.38 
 
 		 265 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  29.88 
 
 		 270 aa  82  0.000000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>