235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6413 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6413  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  100 
 
 
189 aa  384  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.53225 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6125  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  98.94 
 
 
189 aa  380  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5917  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  54.89 
 
 
198 aa  195  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854932  normal  0.161715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6790  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  53.59 
 
 
198 aa  185  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.838276  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2177  sulfopyruvate decarboxylase  51.09 
 
 
198 aa  176  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.315174  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1052  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  50 
 
 
196 aa  156  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6662  putative sulfopyruvate decarboxylase beta subunit  52.22 
 
 
193 aa  150  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.754247 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1459  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  39.24 
 
 
189 aa  114  8.999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1624  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.07 
 
 
187 aa  108  5e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2499  hypothetical protein  36.56 
 
 
202 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3127  hypothetical protein  39.77 
 
 
213 aa  106  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1069  hypothetical protein  34.74 
 
 
199 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.319185  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3542  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha / sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  35.29 
 
 
382 aa  102  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0505956  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1219  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.12 
 
 
187 aa  92.4  3e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0982  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.53 
 
 
185 aa  92.4  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0238706  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0964  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.13 
 
 
185 aa  92  4e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1717  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.13 
 
 
185 aa  92  5e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0991  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.3 
 
 
188 aa  91.3  8e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1162  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  34.44 
 
 
370 aa  89.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1316  thiamine pyrophosphate enzyme  38.6 
 
 
384 aa  86.3  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1402  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  41.23 
 
 
184 aa  85.9  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00264057 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2117  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  35.47 
 
 
372 aa  82.8  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0803  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  39.29 
 
 
189 aa  80.9  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2733  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.68 
 
 
370 aa  78.6  0.00000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0112  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.98 
 
 
373 aa  78.6  0.00000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2976  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  32.6 
 
 
373 aa  78.2  0.00000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2977  phosphonopyruvate decarboxylase  30.37 
 
 
392 aa  76.3  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0504  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta / sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  30.34 
 
 
371 aa  74.7  0.0000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1915  thiamine pyrophosphate enzyme, putative 3-phosphonopyruvate decarboxylase  34.64 
 
 
393 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2234  putative thiamine pyrophosphate enzyme  35.48 
 
 
387 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1769  3-phosphonopyruvate decarboxylase  37.07 
 
 
372 aa  72  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0759  3-phosphonopyruvate decarboxylase  37.07 
 
 
372 aa  72  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.762667  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1052  3-phosphonopyruvate decarboxylase  37.07 
 
 
372 aa  72  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2064  3-phosphonopyruvate decarboxylase  37.07 
 
 
393 aa  72  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0779  3-phosphonopyruvate decarboxylase  37.07 
 
 
393 aa  72  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0690  3-phosphonopyruvate decarboxylase  37.07 
 
 
393 aa  72  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4472  phosphonopyruvate decarboxylase  34.34 
 
 
395 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110205  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5427  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  33.53 
 
 
202 aa  71.2  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3414  phosphonopyruvate decarboxylase protein  34.43 
 
 
380 aa  71.2  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3534  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.37 
 
 
393 aa  70.9  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5998  phosphonopyruvate decarboxylase  33.55 
 
 
387 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.412851 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3399  phosphonopyruvate decarboxylase  33.73 
 
 
398 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4246  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  37.6 
 
 
398 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4015  phosphonopyruvate decarboxylase  37.6 
 
 
398 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.764027 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4120  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  37.6 
 
 
398 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.183201  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1809  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  36 
 
 
399 aa  68.6  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0361229  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1414  phosphonopyruvate decarboxylase, putative  28.08 
 
 
378 aa  68.6  0.00000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3821  phosphonopyruvate decarboxylase  32.48 
 
 
394 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.416111 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1909  3-phosphonopyruvate decarboxylase  37.07 
 
 
393 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5664  phosphonopyruvate decarboxylase  31.65 
 
 
373 aa  67.8  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.399096 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2070  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  31.62 
 
 
213 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0454462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1237  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  31.62 
 
 
223 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0422665  normal  0.190035 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0817  phosphonopyruvate decarboxylase  30.99 
 
 
408 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.438085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0909  phosphonopyruvate decarboxylase  30.99 
 
 
412 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2172  thiamine pyrophosphate enzyme family protein  31.65 
 
 
721 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.531587  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0477  phosphonopyruvate decarboxylase  39.47 
 
 
384 aa  53.1  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0573  phosphonopyruvate decarboxylase  39.47 
 
 
384 aa  52.8  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2267  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.03 
 
 
549 aa  51.6  0.000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.158148 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4175  thiamine pyrophosphate protein  36.04 
 
 
593 aa  50.1  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296619  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2427  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  30.66 
 
 
574 aa  49.3  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0700684  normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2788  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.8 
 
 
578 aa  48.9  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.987771  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5566  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.61 
 
 
612 aa  48.5  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2791  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  32.56 
 
 
576 aa  48.5  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0635028  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2307  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  28.95 
 
 
578 aa  48.1  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401078  normal  0.110885 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2031  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.95 
 
 
578 aa  47.8  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0203  pyruvate dehydrogenase  31.54 
 
 
576 aa  47.8  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0234842 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2951  thiamine pyrophosphate protein central region  33.94 
 
 
536 aa  47  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00103515  hitchhiker  0.000679979 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0289  acetolactate synthase 2 catalytic subunit  28.37 
 
 
572 aa  47.4  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.403033  normal  0.363537 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4459  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  27.94 
 
 
566 aa  47.4  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.325037  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  31.54 
 
 
576 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2294  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.25 
 
 
578 aa  47.4  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.879055  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3502  sulfoacetaldehyde acetyltransferase  30.08 
 
 
591 aa  46.6  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3951  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.67 
 
 
574 aa  47  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1620  acetolactate synthase catalytic subunit  38.81 
 
 
556 aa  46.6  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.546066  normal  0.5994 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4011  sulfoacetaldehyde acetyltransferase  27.78 
 
 
593 aa  46.6  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0930701  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0734  acetolactate synthase catalytic subunit  28.95 
 
 
564 aa  46.6  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2189  thiamine pyrophosphate protein central region  28.3 
 
 
585 aa  46.6  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.142127  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1968  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.37 
 
 
581 aa  47  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.697399  normal  0.245648 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2503  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.19 
 
 
566 aa  47  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000132944  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2263  thiamine pyrophosphate protein  39.39 
 
 
572 aa  45.8  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  unclonable  0.00000136096  unclonable  0.000000016429 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  30.26 
 
 
574 aa  45.8  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  30 
 
 
542 aa  45.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3075  thiamine pyrophosphate protein central region  40.91 
 
 
623 aa  45.4  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.433048  normal  0.875201 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0313  thiamine pyrophosphate protein  39.39 
 
 
557 aa  45.4  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2249  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  28.18 
 
 
579 aa  45.4  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0404885  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2521  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  25 
 
 
547 aa  45.4  0.0005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.948829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0581  acetolactate synthase catalytic subunit  26.42 
 
 
554 aa  45.1  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.188542  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3550  acetolactate synthase, large subunit  40.68 
 
 
583 aa  45.1  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01410  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  34.78 
 
 
591 aa  44.7  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0137  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  35.56 
 
 
589 aa  44.7  0.0008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4864  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  36.36 
 
 
575 aa  44.7  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.662059  normal  0.681862 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1010  sulfoacetaldehyde acetyltransferase  26.99 
 
 
593 aa  44.7  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1642  sulfoacetaldehyde acetyltransferase  26.99 
 
 
593 aa  44.7  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4277  sulfoacetaldehyde acetyltransferase  26.99 
 
 
593 aa  44.7  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.268033  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1387  pyruvate dehydrogenase  30.15 
 
 
572 aa  44.7  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0944  pyruvate dehydrogenase  26.25 
 
 
572 aa  43.9  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0620  acetolactate synthase catalytic subunit  38.6 
 
 
554 aa  43.9  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00882  hypothetical protein  26.25 
 
 
572 aa  43.9  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.731415  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0084  myo-inositol catabolism protein IolD  28.28 
 
 
639 aa  43.9  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  30.97 
 
 
535 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>