109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5998 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B1915  thiamine pyrophosphate enzyme, putative 3-phosphonopyruvate decarboxylase  81.65 
 
 
393 aa  638    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2234  putative thiamine pyrophosphate enzyme  95.87 
 
 
387 aa  760    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3534  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  81.4 
 
 
393 aa  638    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3821  phosphonopyruvate decarboxylase  85.94 
 
 
394 aa  680    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.416111 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5998  phosphonopyruvate decarboxylase  100 
 
 
387 aa  789    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.412851 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4246  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  80.56 
 
 
398 aa  631  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4120  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  80.56 
 
 
398 aa  631  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.183201  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4015  phosphonopyruvate decarboxylase  80.05 
 
 
398 aa  633  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.764027 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4472  phosphonopyruvate decarboxylase  80.93 
 
 
395 aa  630  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110205  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3399  phosphonopyruvate decarboxylase  80.31 
 
 
398 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1809  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  78.92 
 
 
399 aa  618  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0361229  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1909  3-phosphonopyruvate decarboxylase  79.39 
 
 
393 aa  609  1e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2064  3-phosphonopyruvate decarboxylase  78.88 
 
 
393 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0779  3-phosphonopyruvate decarboxylase  78.88 
 
 
393 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0690  3-phosphonopyruvate decarboxylase  78.88 
 
 
393 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1769  3-phosphonopyruvate decarboxylase  77.69 
 
 
372 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0759  3-phosphonopyruvate decarboxylase  77.69 
 
 
372 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.762667  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1052  3-phosphonopyruvate decarboxylase  77.69 
 
 
372 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1316  thiamine pyrophosphate enzyme  57.55 
 
 
384 aa  438  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2977  phosphonopyruvate decarboxylase  46.56 
 
 
392 aa  328  1.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3414  phosphonopyruvate decarboxylase protein  45.93 
 
 
380 aa  327  2.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1414  phosphonopyruvate decarboxylase, putative  36.39 
 
 
378 aa  251  1e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1162  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  36.34 
 
 
370 aa  251  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5664  phosphonopyruvate decarboxylase  35.04 
 
 
373 aa  202  7e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.399096 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0817  phosphonopyruvate decarboxylase  34.9 
 
 
408 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.438085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2172  thiamine pyrophosphate enzyme family protein  34.9 
 
 
721 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.531587  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0909  phosphonopyruvate decarboxylase  35.05 
 
 
412 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0477  phosphonopyruvate decarboxylase  33.5 
 
 
384 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0573  phosphonopyruvate decarboxylase  32.26 
 
 
384 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2117  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  29.46 
 
 
372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3542  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha / sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  28.17 
 
 
382 aa  125  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0505956  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2733  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.79 
 
 
370 aa  125  1e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0112  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.79 
 
 
373 aa  124  4e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0504  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta / sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  28.72 
 
 
371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2976  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  27.3 
 
 
373 aa  117  3e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0991  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.15 
 
 
188 aa  106  7e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1069  hypothetical protein  32.63 
 
 
199 aa  105  9e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.319185  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0964  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.15 
 
 
185 aa  104  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3127  hypothetical protein  32.46 
 
 
213 aa  102  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2499  hypothetical protein  32.81 
 
 
202 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1459  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  41.59 
 
 
189 aa  101  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0982  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.07 
 
 
185 aa  102  2e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0238706  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1219  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.41 
 
 
187 aa  100  4e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1717  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.34 
 
 
185 aa  100  5e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1624  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  43.52 
 
 
187 aa  96.3  9e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1402  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  30.59 
 
 
184 aa  85.1  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00264057 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1458  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  35 
 
 
168 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.454016  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6790  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  32 
 
 
198 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.838276  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0803  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  30.19 
 
 
189 aa  79.3  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1227  sulfopyruvate decarboxylase  32.52 
 
 
167 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.47502  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1409  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  32.52 
 
 
166 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0499  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  31.65 
 
 
167 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.939895  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5917  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.35 
 
 
198 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854932  normal  0.161715 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2177  sulfopyruvate decarboxylase  30.3 
 
 
198 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.315174  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1399  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  31.09 
 
 
166 aa  74.3  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.293231  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1052  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  35.66 
 
 
196 aa  71.6  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6125  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.55 
 
 
189 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6413  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.55 
 
 
189 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.53225 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5427  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  31.61 
 
 
202 aa  69.7  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1187  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  30.15 
 
 
175 aa  67  0.0000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1237  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  31.72 
 
 
223 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0422665  normal  0.190035 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2070  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  31.03 
 
 
213 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0454462 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1623  sulfopyruvate decarboxylase  30.3 
 
 
192 aa  62.8  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1401  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  29.37 
 
 
168 aa  60.8  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00255271 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2500  putative decarboxylase  29.11 
 
 
177 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3128  putative sulfopyruvate decarboxylase (alpha subunit)  28.87 
 
 
182 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6662  putative sulfopyruvate decarboxylase beta subunit  33.53 
 
 
193 aa  53.1  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.754247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6661  putative sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  35.19 
 
 
181 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.984154 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2710  acetolactate synthase  27.66 
 
 
545 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.404072  hitchhiker  0.0000000454495 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2038  acetolactate synthase, large subunit  24.91 
 
 
625 aa  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206948  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6412  hypothetical protein  31.39 
 
 
178 aa  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.519498 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6124  hypothetical protein  31.39 
 
 
178 aa  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2145  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.62 
 
 
562 aa  49.7  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000794715  normal  0.0157817 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5007  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.92 
 
 
621 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544612  normal  0.0507111 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6791  hypothetical protein  35.48 
 
 
180 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.384747  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2814  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.01 
 
 
565 aa  48.5  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2071  sulfopyruvate decarboxylase  30.48 
 
 
166 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0452585 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0526  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.69 
 
 
587 aa  47.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3196  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  31.37 
 
 
589 aa  47.4  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000534651 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3003  hypothetical protein  25.87 
 
 
512 aa  47  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4490  acetolactate synthase, large subunit  28.3 
 
 
621 aa  46.6  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1051  hypothetical protein  32.98 
 
 
175 aa  46.6  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1238  sulfopyruvate decarboxylase  29.81 
 
 
166 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0616406  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1909  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  43.1 
 
 
561 aa  46.2  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000425472  hitchhiker  0.0000717525 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0696  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.53 
 
 
281 aa  45.8  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0217424  normal  0.137282 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5426  Sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  28.85 
 
 
166 aa  46.2  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.510456  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4010  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  42.37 
 
 
276 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1167  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  32.71 
 
 
280 aa  45.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05821  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.92 
 
 
587 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.449821  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1895  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  32.67 
 
 
298 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2119  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.78 
 
 
621 aa  45.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1420  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  42.37 
 
 
276 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.464193  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1240  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.47 
 
 
580 aa  45.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0696  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  40.68 
 
 
280 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05521  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.92 
 
 
587 aa  44.3  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.78481  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0760  sulfoacetaldehyde acetyltransferase  28.95 
 
 
602 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1203  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.15 
 
 
584 aa  44.7  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1594  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.48 
 
 
628 aa  43.9  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.662359  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0639  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  40.68 
 
 
593 aa  44.3  0.004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0915985  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3813  acetolactate synthase catalytic subunit  30 
 
 
554 aa  43.9  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>