99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3534 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008061  Bcen_4246  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  93.47 
 
 		 398 aa  741    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3534  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  100 
 
 		 393 aa  798    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5998  phosphonopyruvate decarboxylase  81.4 
 
 		 387 aa  638    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.412851 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3821  phosphonopyruvate decarboxylase  81.51 
 
 		 394 aa  640    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.416111 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4120  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  93.47 
 
 		 398 aa  741    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.183201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4015  phosphonopyruvate decarboxylase  96.73 
 
 		 398 aa  779    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.764027 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2064  3-phosphonopyruvate decarboxylase  82.19 
 
 		 393 aa  635    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3399  phosphonopyruvate decarboxylase  93.72 
 
 		 398 aa  742    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1915  thiamine pyrophosphate enzyme, putative 3-phosphonopyruvate decarboxylase  95.17 
 
 		 393 aa  766    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4472  phosphonopyruvate decarboxylase  94.68 
 
 		 395 aa  748    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110205  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0690  3-phosphonopyruvate decarboxylase  82.19 
 
 		 393 aa  635    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0779  3-phosphonopyruvate decarboxylase  82.19 
 
 		 393 aa  635    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2234  putative thiamine pyrophosphate enzyme  81.4 
 
 		 387 aa  634  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1909  3-phosphonopyruvate decarboxylase  83.21 
 
 		 393 aa  634  1e-180  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1809  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  78.43 
 
 		 399 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0361229  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1052  3-phosphonopyruvate decarboxylase  81.18 
 
 		 372 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0759  3-phosphonopyruvate decarboxylase  81.18 
 
 		 372 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.762667  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1769  3-phosphonopyruvate decarboxylase  81.18 
 
 		 372 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1316  thiamine pyrophosphate enzyme  58.27 
 
 		 384 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2977  phosphonopyruvate decarboxylase  46.67 
 
 		 392 aa  326  4.0000000000000003e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3414  phosphonopyruvate decarboxylase protein  45.77 
 
 		 380 aa  324  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1162  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  38.59 
 
 		 370 aa  263  4e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1414  phosphonopyruvate decarboxylase, putative  36.57 
 
 		 378 aa  260  4e-68  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5664  phosphonopyruvate decarboxylase  33.93 
 
 		 373 aa  206  4e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.399096 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0817  phosphonopyruvate decarboxylase  36.55 
 
 		 408 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.438085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2172  thiamine pyrophosphate enzyme family protein  36.29 
 
 		 721 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.531587  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0909  phosphonopyruvate decarboxylase  36.18 
 
 		 412 aa  187  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0477  phosphonopyruvate decarboxylase  32.24 
 
 		 384 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0573  phosphonopyruvate decarboxylase  32.58 
 
 		 384 aa  169  7e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2976  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  29.33 
 
 		 373 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2117  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  29.41 
 
 		 372 aa  132  7.999999999999999e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0112  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.08 
 
 		 373 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2733  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32 
 
 		 370 aa  127  3e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0504  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta / sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  28.18 
 
 		 371 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3542  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha / sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  26.87 
 
 		 382 aa  125  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0505956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3127  hypothetical protein  35.23 
 
 		 213 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0964  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.33 
 
 		 185 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1219  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.35 
 
 		 187 aa  107  3e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0982  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.78 
 
 		 185 aa  106  6e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0238706  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1717  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.48 
 
 		 185 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1069  hypothetical protein  32.64 
 
 		 199 aa  104  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.319185  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0991  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.61 
 
 		 188 aa  104  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1624  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  37.35 
 
 		 187 aa  100  6e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2499  hypothetical protein  33.99 
 
 		 202 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1459  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  41.82 
 
 		 189 aa  97.8  3e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1402  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  33.14 
 
 		 184 aa  90.1  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00264057 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1458  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  34.84 
 
 		 168 aa  89.7  7e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.454016  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1409  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  34.11 
 
 		 166 aa  86.3  9e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5917  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.67 
 
 		 198 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854932  normal  0.161715 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1399  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  33.6 
 
 		 166 aa  83.6  0.000000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.293231  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0499  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  32.56 
 
 		 167 aa  83.6  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.939895  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1227  sulfopyruvate decarboxylase  32.56 
 
 		 167 aa  83.2  0.000000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.47502  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1187  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  29.49 
 
 		 175 aa  77.8  0.0000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0803  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  37.5 
 
 		 189 aa  77.4  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1237  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  32.12 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0422665  normal  0.190035 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6790  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  32.64 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.838276  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5427  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  30.57 
 
 		 202 aa  73.6  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1623  sulfopyruvate decarboxylase  30.63 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2070  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  31.61 
 
 		 213 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0454462 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1052  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  35.66 
 
 		 196 aa  72  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6413  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.37 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.53225 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6125  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.48 
 
 		 189 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1401  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  30 
 
 		 168 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00255271 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2177  sulfopyruvate decarboxylase  35.2 
 
 		 198 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.315174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1068  putative sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  30.71 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.549139  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6661  putative sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  38.1 
 
 		 181 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.984154 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3128  putative sulfopyruvate decarboxylase (alpha subunit)  29.5 
 
 		 182 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2500  putative decarboxylase  27.92 
 
 		 177 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6124  hypothetical protein  34.33 
 
 		 178 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6412  hypothetical protein  34.33 
 
 		 178 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.519498 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1051  hypothetical protein  35.16 
 
 		 175 aa  57.4  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6791  hypothetical protein  36.45 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.384747  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2178  hypothetical protein  36.45 
 
 		 179 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.594535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5426  Sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  29.13 
 
 		 166 aa  54.3  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.510456  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2071  sulfopyruvate decarboxylase  30.93 
 
 		 166 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0452585 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1238  sulfopyruvate decarboxylase  30.93 
 
 		 166 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0616406  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4490  acetolactate synthase, large subunit  36.7 
 
 		 621 aa  50.8  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2119  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  35.14 
 
 		 621 aa  50.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5918  hypothetical protein  35.51 
 
 		 178 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262351  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5007  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  33.88 
 
 		 621 aa  50.4  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544612  normal  0.0507111 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2710  acetolactate synthase  26.46 
 
 		 545 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.404072  hitchhiker  0.0000000454495 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6662  putative sulfopyruvate decarboxylase beta subunit  33.14 
 
 		 193 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.754247 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0760  sulfoacetaldehyde acetyltransferase  28.15 
 
 		 602 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2814  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.98 
 
 		 565 aa  47.8  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2038  acetolactate synthase, large subunit  29.79 
 
 		 625 aa  46.2  0.0009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1909  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  43.1 
 
 		 561 aa  45.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000425472  hitchhiker  0.0000717525 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0639  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  42.37 
 
 		 593 aa  45.1  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0915985  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0680  thiamine pyrophosphate requiring enzyme  30.21 
 
 		 574 aa  44.7  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0902  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  41.38 
 
 		 619 aa  44.3  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0929  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  41.38 
 
 		 619 aa  44.3  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2028  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  53.66 
 
 		 591 aa  43.9  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103551  normal  0.0583023 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2843  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP bindin  26.95 
 
 		 593 aa  43.9  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.89479  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2145  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  40 
 
 		 562 aa  43.5  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000794715  normal  0.0157817 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21480  thiamine pyrophosphate-dependent enzyme, possible carboligase or decarboxylase  33.9 
 
 		 551 aa  43.5  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1837  acetolactate synthase  30.09 
 
 		 553 aa  43.5  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0696  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.21 
 
 		 281 aa  43.1  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0217424  normal  0.137282 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1389  indolepyruvate ferredoxin oxidoreductase, alpha subunit  26.56 
 
 		 598 aa  43.1  0.009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000343744  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0544  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  38.6 
 
 		 602 aa  42.7  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3550  acetolactate synthase, large subunit  33.88 
 
 		 583 aa  42.7  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>