95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3414 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3414  phosphonopyruvate decarboxylase protein  100 
 
 		 380 aa  778    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1162  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  50 
 
 		 370 aa  365  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4472  phosphonopyruvate decarboxylase  45.17 
 
 		 395 aa  330  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110205  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1909  3-phosphonopyruvate decarboxylase  46.61 
 
 		 393 aa  329  4e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1915  thiamine pyrophosphate enzyme, putative 3-phosphonopyruvate decarboxylase  46.83 
 
 		 393 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1316  thiamine pyrophosphate enzyme  47.67 
 
 		 384 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5998  phosphonopyruvate decarboxylase  45.93 
 
 		 387 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.412851 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4120  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  45.34 
 
 		 398 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.183201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4246  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  45.34 
 
 		 398 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2234  putative thiamine pyrophosphate enzyme  46.72 
 
 		 387 aa  325  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3821  phosphonopyruvate decarboxylase  45.45 
 
 		 394 aa  325  7e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.416111 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2064  3-phosphonopyruvate decarboxylase  46.23 
 
 		 393 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0779  3-phosphonopyruvate decarboxylase  46.23 
 
 		 393 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3399  phosphonopyruvate decarboxylase  45.08 
 
 		 398 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0690  3-phosphonopyruvate decarboxylase  46.23 
 
 		 393 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3534  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  45.77 
 
 		 393 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1809  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  45.93 
 
 		 399 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0361229  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4015  phosphonopyruvate decarboxylase  44.42 
 
 		 398 aa  323  5e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.764027 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2977  phosphonopyruvate decarboxylase  46.61 
 
 		 392 aa  310  2e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1052  3-phosphonopyruvate decarboxylase  46.98 
 
 		 372 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0759  3-phosphonopyruvate decarboxylase  46.98 
 
 		 372 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.762667  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1769  3-phosphonopyruvate decarboxylase  46.98 
 
 		 372 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1414  phosphonopyruvate decarboxylase, putative  36.67 
 
 		 378 aa  248  2e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5664  phosphonopyruvate decarboxylase  35.62 
 
 		 373 aa  213  4.9999999999999996e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.399096 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0477  phosphonopyruvate decarboxylase  33.84 
 
 		 384 aa  194  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0573  phosphonopyruvate decarboxylase  34.09 
 
 		 384 aa  189  5.999999999999999e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0817  phosphonopyruvate decarboxylase  36.09 
 
 		 408 aa  189  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.438085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2172  thiamine pyrophosphate enzyme family protein  35.91 
 
 		 721 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.531587  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0909  phosphonopyruvate decarboxylase  35.84 
 
 		 412 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3542  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha / sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  32.19 
 
 		 382 aa  149  7e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0505956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2117  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  31.35 
 
 		 372 aa  134  3.9999999999999996e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2976  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  29.32 
 
 		 373 aa  130  3e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0112  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.68 
 
 		 373 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2733  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.72 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0964  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.2 
 
 		 185 aa  113  5e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0982  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.2 
 
 		 185 aa  113  5e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0238706  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0991  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.8 
 
 		 188 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1717  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.2 
 
 		 185 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1219  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.06 
 
 		 187 aa  111  3e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0504  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta / sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  28.02 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3127  hypothetical protein  35.98 
 
 		 213 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1069  hypothetical protein  34.81 
 
 		 199 aa  97.4  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.319185  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0803  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  40.5 
 
 		 189 aa  96.7  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1624  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50 
 
 		 187 aa  96.7  7e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1187  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  38.52 
 
 		 175 aa  95.9  1e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2499  hypothetical protein  34.62 
 
 		 202 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1459  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  35.93 
 
 		 189 aa  93.2  6e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1402  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  35.84 
 
 		 184 aa  91.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00264057 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1409  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  33.07 
 
 		 166 aa  91.3  2e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1227  sulfopyruvate decarboxylase  33.07 
 
 		 167 aa  90.9  3e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.47502  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0499  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  33.07 
 
 		 167 aa  90.9  3e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.939895  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1399  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  33.62 
 
 		 166 aa  86.3  8e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.293231  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1458  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  36.92 
 
 		 168 aa  79.3  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.454016  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1401  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  30.08 
 
 		 168 aa  77.4  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00255271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1052  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  34.16 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1623  sulfopyruvate decarboxylase  37.17 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5917  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.47 
 
 		 198 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854932  normal  0.161715 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2070  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  29.45 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0454462 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6413  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.43 
 
 		 189 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.53225 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6125  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.43 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1237  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  28.83 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0422665  normal  0.190035 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6790  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  30 
 
 		 198 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.838276  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2177  sulfopyruvate decarboxylase  33.1 
 
 		 198 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.315174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1068  putative sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  37.5 
 
 		 182 aa  61.6  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.549139  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6661  putative sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  43.21 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.984154 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3128  putative sulfopyruvate decarboxylase (alpha subunit)  35.35 
 
 		 182 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2500  putative decarboxylase  31.19 
 
 		 177 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1051  hypothetical protein  37.25 
 
 		 175 aa  57  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6124  hypothetical protein  44.29 
 
 		 178 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5427  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  30.16 
 
 		 202 aa  55.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6412  hypothetical protein  44.29 
 
 		 178 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.519498 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1238  sulfopyruvate decarboxylase  30.39 
 
 		 166 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0616406  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2178  hypothetical protein  34.71 
 
 		 179 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.594535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6791  hypothetical protein  37.5 
 
 		 180 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.384747  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2071  sulfopyruvate decarboxylase  29.41 
 
 		 166 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0452585 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5918  hypothetical protein  36.45 
 
 		 178 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262351  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5426  Sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  29.41 
 
 		 166 aa  51.2  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.510456  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4459  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  28.07 
 
 		 566 aa  46.2  0.0008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.325037  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6662  putative sulfopyruvate decarboxylase beta subunit  31.29 
 
 		 193 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.754247 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01410  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  34.11 
 
 		 591 aa  45.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1082  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  34.38 
 
 		 277 aa  44.7  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3003  hypothetical protein  25.58 
 
 		 512 aa  44.7  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0907  2-oxoglutarate-acceptor oxidoreductase subunit OorB  31.53 
 
 		 281 aa  43.9  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.285874  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  26.8 
 
 		 554 aa  43.9  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0367  pyruvate dehydrogenase  26.85 
 
 		 579 aa  43.5  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.384564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2031  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.08 
 
 		 578 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2843  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP bindin  32.79 
 
 		 593 aa  43.5  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.89479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0815  2-oxoglutarate-acceptor oxidoreductase subunit OorB  30.63 
 
 		 281 aa  43.5  0.006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.886137  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27500  indolepyruvate ferredoxin oxidreductase, alpha/beta subunit  32.61 
 
 		 637 aa  43.5  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0680  thiamine pyrophosphate requiring enzyme  29.27 
 
 		 574 aa  43.5  0.007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2294  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.08 
 
 		 578 aa  43.5  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.879055  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2307  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  30.08 
 
 		 578 aa  43.1  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401078  normal  0.110885 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3372  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.08 
 
 		 576 aa  42.7  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0089  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  27.61 
 
 		 278 aa  42.7  0.009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2723  thiamine pyrophosphate protein central region  32.79 
 
 		 596 aa  42.7  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.974431 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>