84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5427 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5427  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  100 
 
 		 202 aa  422  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2070  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  82.18 
 
 		 213 aa  357  5e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0454462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1237  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  81.68 
 
 		 223 aa  355  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0422665  normal  0.190035 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2499  hypothetical protein  36.57 
 
 		 202 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1069  hypothetical protein  29.38 
 
 		 199 aa  92  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.319185  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3127  hypothetical protein  36.81 
 
 		 213 aa  89  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1459  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  34.03 
 
 		 189 aa  87  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1052  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  33.51 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0803  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  31.49 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1219  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.43 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1624  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3534  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.57 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4472  phosphonopyruvate decarboxylase  29.17 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110205  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4015  phosphonopyruvate decarboxylase  28.72 
 
 		 398 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.764027 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1915  thiamine pyrophosphate enzyme, putative 3-phosphonopyruvate decarboxylase  32.88 
 
 		 393 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6125  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.53 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6413  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.53 
 
 		 189 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.53225 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1414  phosphonopyruvate decarboxylase, putative  26.39 
 
 		 378 aa  70.9  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3399  phosphonopyruvate decarboxylase  29.44 
 
 		 398 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4120  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.93 
 
 		 398 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.183201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4246  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  28.93 
 
 		 398 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5998  phosphonopyruvate decarboxylase  31.61 
 
 		 387 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.412851 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0982  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.09 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0238706  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0991  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.71 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2976  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  32.19 
 
 		 373 aa  67.8  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1162  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  30.87 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1717  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.03 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2733  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.81 
 
 		 370 aa  67.8  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0964  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.25 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2234  putative thiamine pyrophosphate enzyme  30.05 
 
 		 387 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0690  3-phosphonopyruvate decarboxylase  32.84 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0779  3-phosphonopyruvate decarboxylase  32.84 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1052  3-phosphonopyruvate decarboxylase  34.07 
 
 		 372 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0759  3-phosphonopyruvate decarboxylase  34.07 
 
 		 372 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.762667  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1769  3-phosphonopyruvate decarboxylase  34.07 
 
 		 372 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3542  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha / sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  29.08 
 
 		 382 aa  64.3  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0505956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2064  3-phosphonopyruvate decarboxylase  32.84 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1909  3-phosphonopyruvate decarboxylase  34.07 
 
 		 393 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1809  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  31.33 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0361229  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3821  phosphonopyruvate decarboxylase  29.71 
 
 		 394 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.416111 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2977  phosphonopyruvate decarboxylase  33.83 
 
 		 392 aa  61.2  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0112  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.32 
 
 		 373 aa  60.8  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2117  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  29.45 
 
 		 372 aa  57  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3414  phosphonopyruvate decarboxylase protein  30.16 
 
 		 380 aa  55.8  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5664  phosphonopyruvate decarboxylase  26.81 
 
 		 373 aa  55.8  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.399096 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1143  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  28.93 
 
 		 516 aa  53.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1402  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  26.9 
 
 		 184 aa  53.1  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00264057 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5917  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.17 
 
 		 198 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854932  normal  0.161715 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0538  hypothetical protein  39.74 
 
 		 530 aa  50.8  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2177  sulfopyruvate decarboxylase  26.28 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.315174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0573  phosphonopyruvate decarboxylase  32.26 
 
 		 384 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0477  phosphonopyruvate decarboxylase  31.87 
 
 		 384 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1316  thiamine pyrophosphate enzyme  30.21 
 
 		 384 aa  49.7  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6790  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  28.45 
 
 		 198 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.838276  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2723  thiamine pyrophosphate protein central region  38.16 
 
 		 596 aa  46.6  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.974431 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46120  hypothetical protein  31.72 
 
 		 533 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624787  normal  0.341873 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5047  benzoylformate decarboxylase  29.84 
 
 		 533 aa  45.8  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3376  pyruvate dehydrogenase  28.89 
 
 		 573 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4792  pyruvate dehydrogenase  28.89 
 
 		 573 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4140  pyruvate dehydrogenase  28.89 
 
 		 573 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3510  hypothetical protein  31.45 
 
 		 531 aa  44.7  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01410  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  33.33 
 
 		 591 aa  44.3  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2843  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP bindin  41.79 
 
 		 593 aa  44.3  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.89479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2858  pyruvate dehydrogenase  29.63 
 
 		 573 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3003  hypothetical protein  29.6 
 
 		 512 aa  43.5  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5857  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.95 
 
 		 554 aa  43.5  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0909  phosphonopyruvate decarboxylase  26.09 
 
 		 412 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3312  pyruvate dehydrogenase  28.89 
 
 		 573 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.653262  normal  0.0298964 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5205  pyruvate dehydrogenase  28.15 
 
 		 573 aa  43.1  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.799967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2118  hypothetical protein  26.8 
 
 		 517 aa  42.7  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5157  pyruvate dehydrogenase  28.89 
 
 		 573 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3922  hypothetical protein  31.03 
 
 		 533 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13227  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0817  phosphonopyruvate decarboxylase  26.09 
 
 		 408 aa  43.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.438085  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  37.65 
 
 		 574 aa  42.7  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2570  hypothetical protein  28.32 
 
 		 529 aa  42.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4676  hypothetical protein  27.27 
 
 		 553 aa  42.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432093  normal  0.637803 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4864  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.42 
 
 		 575 aa  42.4  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.662059  normal  0.681862 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2172  thiamine pyrophosphate enzyme family protein  26.09 
 
 		 721 aa  42  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.531587  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1693  hypothetical protein  25.93 
 
 		 541 aa  41.6  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0810  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.65 
 
 		 501 aa  41.6  0.007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  34.12 
 
 		 573 aa  41.6  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6662  putative sulfopyruvate decarboxylase beta subunit  35.14 
 
 		 193 aa  41.6  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.754247 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3134  hypothetical protein  26.01 
 
 		 527 aa  41.2  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.673748  normal  0.335659 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3383  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  39.29 
 
 		 571 aa  41.2  0.01  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>