More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3312 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00876  pyruvate dehydrogenase  63.68 
 
 		 572 aa  741    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.688216  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2771  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  63.86 
 
 		 572 aa  742    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3312  pyruvate dehydrogenase  100 
 
 		 573 aa  1172    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.653262  normal  0.0298964 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2703  pyruvate dehydrogenase  64.74 
 
 		 573 aa  738    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  78.92 
 
 		 574 aa  928    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2510  pyruvate dehydrogenase  70.7 
 
 		 572 aa  826    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.172395  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1002  pyruvate dehydrogenase  64.56 
 
 		 572 aa  752    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244882  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1650  pyruvate dehydrogenase  77.68 
 
 		 572 aa  848    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2314  pyruvate dehydrogenase  70.35 
 
 		 601 aa  822    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.493557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1843  pyruvate dehydrogenase  57.91 
 
 		 577 aa  690    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528367  normal  0.413476 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1664  pyruvate dehydrogenase  64.91 
 
 		 573 aa  746    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265267  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2725  pyruvate dehydrogenase  63.86 
 
 		 572 aa  742    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0699  pyruvate dehydrogenase  78.03 
 
 		 572 aa  852    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2858  pyruvate dehydrogenase  97.21 
 
 		 573 aa  1125    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0024  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  56.41 
 
 		 578 aa  640    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.338176  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0611  pyruvate dehydrogenase  77.68 
 
 		 576 aa  849    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.69435  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2219  pyruvate dehydrogenase  78.03 
 
 		 572 aa  852    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.372281  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2619  pyruvate dehydrogenase  64.74 
 
 		 573 aa  737    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0935  pyruvate dehydrogenase  64.74 
 
 		 572 aa  754    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0203  pyruvate dehydrogenase  58.67 
 
 		 576 aa  691    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0234842 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03967  pyruvate dehydrogenase  66.61 
 
 		 575 aa  785    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4140  pyruvate dehydrogenase  98.08 
 
 		 573 aa  1154    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1677  pyruvate dehydrogenase  59.72 
 
 		 577 aa  689    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.50308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02710  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  54.74 
 
 		 571 aa  642    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  84.47 
 
 		 573 aa  999    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00882  hypothetical protein  63.68 
 
 		 572 aa  741    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.731415  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1032  pyruvate dehydrogenase  63.51 
 
 		 572 aa  742    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1589  pyruvate dehydrogenase  64.56 
 
 		 573 aa  736    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4792  pyruvate dehydrogenase  98.25 
 
 		 573 aa  1156    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1033  pyruvate dehydrogenase  64.56 
 
 		 572 aa  752    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2788  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  58.88 
 
 		 578 aa  671    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.987771  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5157  pyruvate dehydrogenase  99.3 
 
 		 573 aa  1166    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2816  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  60.83 
 
 		 577 aa  687    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1052  pyruvate dehydrogenase  64.56 
 
 		 572 aa  751    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2427  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  56.89 
 
 		 574 aa  646    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0700684  normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  57.89 
 
 		 576 aa  692    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3376  pyruvate dehydrogenase  98.25 
 
 		 573 aa  1156    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1564  pyruvate dehydrogenase  58.09 
 
 		 577 aa  691    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.48094  normal  0.707647 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0944  pyruvate dehydrogenase  64.04 
 
 		 572 aa  743    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0975  pyruvate dehydrogenase  63.86 
 
 		 572 aa  742    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0970  pyruvate dehydrogenase  64.56 
 
 		 572 aa  753    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1387  pyruvate dehydrogenase  64.39 
 
 		 572 aa  745    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3833  pyruvate dehydrogenase  65.44 
 
 		 583 aa  703    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2302  pyruvate dehydrogenase  77.68 
 
 		 572 aa  847    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1728  pyruvate dehydrogenase  77.5 
 
 		 576 aa  847    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4864  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  61.4 
 
 		 575 aa  682    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.662059  normal  0.681862 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0892  pyruvate dehydrogenase  59.72 
 
 		 576 aa  688    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1935  pyruvate dehydrogenase  77.68 
 
 		 572 aa  848    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.935279  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2460  pyruvate dehydrogenase  63.86 
 
 		 572 aa  742    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5095  pyruvate dehydrogenase  81.5 
 
 		 573 aa  960    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038503 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5205  pyruvate dehydrogenase  97.38 
 
 		 573 aa  1128    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.799967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0900  pyruvate dehydrogenase  63.86 
 
 		 572 aa  744    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22790  pyruvate dehydrogenase  52.17 
 
 		 578 aa  569  1e-161  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.998017  normal  0.640022 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0284  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  50.26 
 
 		 579 aa  559  1e-158  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.600747  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0367  pyruvate dehydrogenase  49.22 
 
 		 579 aa  536  1e-151  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.384564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0590  pyruvate dehydrogenase  49.05 
 
 		 582 aa  533  1e-150  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01410  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  47.07 
 
 		 591 aa  534  1e-150  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3808  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  48.61 
 
 		 582 aa  520  1e-146  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9103  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  50.52 
 
 		 577 aa  518  1.0000000000000001e-145  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0720  pyruvate dehydrogenase  48.19 
 
 		 582 aa  518  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3149  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  45.53 
 
 		 572 aa  509  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0282907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69925  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  46.5 
 
 		 572 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3196  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  47.77 
 
 		 589 aa  500  1e-140  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000534651 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2249  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  43.33 
 
 		 579 aa  499  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0404885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0972  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  44.86 
 
 		 581 aa  498  1e-139  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6071  pyruvate dehydrogenase  46.52 
 
 		 572 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0553  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  45.74 
 
 		 576 aa  489  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0214  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  46.28 
 
 		 588 aa  487  1e-136  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1010  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  41.73 
 
 		 573 aa  475  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2307  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  41.78 
 
 		 578 aa  478  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401078  normal  0.110885 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2294  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  41.43 
 
 		 578 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.879055  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2031  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  40.91 
 
 		 578 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3383  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  44.11 
 
 		 571 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1899  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  43.4 
 
 		 570 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02520  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  46.64 
 
 		 583 aa  466  9.999999999999999e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2187  thiamine pyrophosphate protein central region  43.78 
 
 		 572 aa  462  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2791  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  42.66 
 
 		 576 aa  450  1e-125  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0635028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3372  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  41.59 
 
 		 576 aa  433  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0736  pyruvate dehydrogenase [cytochrome]  40.85 
 
 		 563 aa  433  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7374  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  41.01 
 
 		 576 aa  375  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.693349 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2122  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  36.11 
 
 		 584 aa  337  3.9999999999999995e-91  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2151  pyruvate oxidase  36.97 
 
 		 584 aa  335  1e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6370  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  35.74 
 
 		 599 aa  332  1e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.529318 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2495  pyruvate oxidase  33.21 
 
 		 566 aa  326  7e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.667676  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2360  pyruvate oxidase  33.39 
 
 		 566 aa  326  9e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2426  pyruvate oxidase  33.33 
 
 		 566 aa  323  6e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0695657  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2201  pyruvate oxidase  33.51 
 
 		 566 aa  323  7e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0998219  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1986  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  32.38 
 
 		 549 aa  320  5e-86  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2152  pyruvate oxidase  32.62 
 
 		 566 aa  317  4e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2615  pyruvate oxidase  30.73 
 
 		 579 aa  313  4.999999999999999e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2562  pyruvate oxidase  30.73 
 
 		 579 aa  313  4.999999999999999e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2115  pyruvate oxidase  32.1 
 
 		 579 aa  307  3e-82  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.100527  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1467  thiamine pyrophosphate protein  33.39 
 
 		 588 aa  303  6.000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0808  thiamine pyrophosphate protein  35.46 
 
 		 593 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0860  thiamine pyrophosphate protein  35.48 
 
 		 593 aa  296  6e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805016  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0856  thiamine pyrophosphate protein  35.65 
 
 		 593 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.701267  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3203  thiamine pyrophosphate protein  35.65 
 
 		 590 aa  295  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37340  thiamine pyrophosphate protein  36 
 
 		 590 aa  295  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000027158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2436  thiamine pyrophosphate protein  35.03 
 
 		 595 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262777  normal  0.635484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2966  thiamine pyrophosphate protein  35.55 
 
 		 595 aa  294  4e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482904 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>