112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2234 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B2234  putative thiamine pyrophosphate enzyme  100 
 
 
387 aa  787    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3821  phosphonopyruvate decarboxylase  85.68 
 
 
394 aa  674    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.416111 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5998  phosphonopyruvate decarboxylase  95.87 
 
 
387 aa  760    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.412851 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1915  thiamine pyrophosphate enzyme, putative 3-phosphonopyruvate decarboxylase  81.65 
 
 
393 aa  632  1e-180  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3534  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  81.4 
 
 
393 aa  634  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4015  phosphonopyruvate decarboxylase  80.31 
 
 
398 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.764027 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4246  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  80.82 
 
 
398 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4120  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  80.82 
 
 
398 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.183201  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3399  phosphonopyruvate decarboxylase  80.56 
 
 
398 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4472  phosphonopyruvate decarboxylase  80.93 
 
 
395 aa  625  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110205  normal  0.598116 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1809  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  78.15 
 
 
399 aa  613  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0361229  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2064  3-phosphonopyruvate decarboxylase  78.88 
 
 
393 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1909  3-phosphonopyruvate decarboxylase  79.39 
 
 
393 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0779  3-phosphonopyruvate decarboxylase  78.88 
 
 
393 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0690  3-phosphonopyruvate decarboxylase  78.88 
 
 
393 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1769  3-phosphonopyruvate decarboxylase  77.69 
 
 
372 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0759  3-phosphonopyruvate decarboxylase  77.69 
 
 
372 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.762667  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1052  3-phosphonopyruvate decarboxylase  77.69 
 
 
372 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1316  thiamine pyrophosphate enzyme  57.73 
 
 
384 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3414  phosphonopyruvate decarboxylase protein  46.72 
 
 
380 aa  325  7e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2977  phosphonopyruvate decarboxylase  47.07 
 
 
392 aa  325  8.000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1162  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  38.06 
 
 
370 aa  250  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1414  phosphonopyruvate decarboxylase, putative  36.39 
 
 
378 aa  246  4e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5664  phosphonopyruvate decarboxylase  35.44 
 
 
373 aa  201  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.399096 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0817  phosphonopyruvate decarboxylase  34.64 
 
 
408 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.438085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2172  thiamine pyrophosphate enzyme family protein  34.64 
 
 
721 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.531587  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0909  phosphonopyruvate decarboxylase  34.79 
 
 
412 aa  176  9e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0477  phosphonopyruvate decarboxylase  34 
 
 
384 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0573  phosphonopyruvate decarboxylase  30.5 
 
 
384 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2117  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  29.97 
 
 
372 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3542  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha / sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  28.13 
 
 
382 aa  125  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0505956  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0112  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.71 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2733  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.53 
 
 
370 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0504  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta / sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  28.49 
 
 
371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2976  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  27.82 
 
 
373 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1069  hypothetical protein  34.21 
 
 
199 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.319185  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0964  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.33 
 
 
185 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0991  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.6 
 
 
188 aa  105  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1219  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.58 
 
 
187 aa  105  1e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0982  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.26 
 
 
185 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0238706  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3127  hypothetical protein  33.51 
 
 
213 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2499  hypothetical protein  33.51 
 
 
202 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1717  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.52 
 
 
185 aa  103  4e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1459  sulfopyruvate decarboxylase subunit beta  40.71 
 
 
189 aa  100  4e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.417982  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1624  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  44.44 
 
 
187 aa  97.1  4e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1402  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  32.35 
 
 
184 aa  86.7  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00264057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0803  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  34.36 
 
 
189 aa  83.6  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1458  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  34.38 
 
 
168 aa  83.2  0.000000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.454016  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6790  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  32.84 
 
 
198 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.838276  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5917  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.98 
 
 
198 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854932  normal  0.161715 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0499  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  32.37 
 
 
167 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.939895  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1409  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  33.33 
 
 
166 aa  80.1  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1227  sulfopyruvate decarboxylase  33.33 
 
 
167 aa  79.7  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.47502  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2177  sulfopyruvate decarboxylase  31.31 
 
 
198 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.315174  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1399  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  31.93 
 
 
166 aa  75.9  0.000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.293231  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6125  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.48 
 
 
189 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6413  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.48 
 
 
189 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.53225 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1052  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  33.13 
 
 
196 aa  72  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1187  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  31.5 
 
 
175 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5427  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  30.05 
 
 
202 aa  65.1  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1623  sulfopyruvate decarboxylase  30.3 
 
 
192 aa  63.2  0.000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1237  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  39.13 
 
 
223 aa  62  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0422665  normal  0.190035 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1401  sulfopyruvate decarboxylase subunit alpha  29.37 
 
 
168 aa  60.8  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00255271 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2070  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  38.04 
 
 
213 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0454462 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2500  putative decarboxylase  28.74 
 
 
177 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6662  putative sulfopyruvate decarboxylase beta subunit  34.1 
 
 
193 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.754247 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2145  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  32.58 
 
 
562 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000794715  normal  0.0157817 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3128  putative sulfopyruvate decarboxylase (alpha subunit)  28.17 
 
 
182 aa  52.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6412  hypothetical protein  32.12 
 
 
178 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.519498 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6124  hypothetical protein  32.12 
 
 
178 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6661  putative sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  34.26 
 
 
181 aa  50.4  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.984154 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2038  acetolactate synthase, large subunit  25.51 
 
 
625 aa  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206948  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2814  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.03 
 
 
565 aa  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2710  acetolactate synthase  27.37 
 
 
545 aa  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.404072  hitchhiker  0.0000000454495 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2071  sulfopyruvate decarboxylase  29.52 
 
 
166 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0452585 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6791  hypothetical protein  35.11 
 
 
180 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.384747  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1420  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  45.76 
 
 
276 aa  47.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.464193  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0526  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.92 
 
 
587 aa  47  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4010  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  45.76 
 
 
276 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1051  hypothetical protein  32.29 
 
 
175 aa  47.4  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0696  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  44.07 
 
 
280 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1238  sulfopyruvate decarboxylase  28.85 
 
 
166 aa  47  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0616406  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3196  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  30.72 
 
 
589 aa  46.2  0.0009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000534651 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0696  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.53 
 
 
281 aa  45.8  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0217424  normal  0.137282 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1167  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  33.64 
 
 
280 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0639  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  40.68 
 
 
593 aa  45.1  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0915985  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1909  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  41.38 
 
 
561 aa  45.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000425472  hitchhiker  0.0000717525 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1895  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  32.67 
 
 
298 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3003  hypothetical protein  26.87 
 
 
512 aa  45.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1858  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.38 
 
 
582 aa  44.7  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.667431  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1235  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta  44.07 
 
 
270 aa  44.3  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0680  thiamine pyrophosphate requiring enzyme  27.91 
 
 
574 aa  44.7  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05831  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.38 
 
 
587 aa  44.7  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1203  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.58 
 
 
584 aa  44.7  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1240  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.16 
 
 
580 aa  44.7  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5426  Sulfopyruvate decarboxylase alpha subunit  27.36 
 
 
166 aa  44.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.510456  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4490  acetolactate synthase, large subunit  30.34 
 
 
621 aa  44.3  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0590  pyruvate dehydrogenase  28.4 
 
 
582 aa  43.9  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05821  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.15 
 
 
587 aa  44.3  0.004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.449821  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5007  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.92 
 
 
621 aa  44.3  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544612  normal  0.0507111 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>